这个不好说，但是他们投靠后金的可能性会大大降低，古时候的兵将很看重自己的主帅的。
毛文龙是抵抗后金的英雄，其苦心经营孤悬海外东江镇多年，可以直接威胁后金大后方。等于在海上为明朝建立了一道坚固的防线，在毛文龙有生之年，后金一直不敢对明朝大肆出兵，明朝天启年间的宁远大捷，城防战打了五天，努尔哈赤就匆匆撤军，直接原因便是毛文龙出兵，直接威胁到后金大本营辽阳。但是在崇祯二年，袁崇焕持尚方宝剑，矫诏斩杀毛文龙，在袁崇焕斩杀毛文龙之后五个月，即发生“己巳之变”，后金军采取迂回战术，差点拿下了北京城。不得不说，袁崇焕斩杀毛文龙对明朝的影响是巨大的。
从现在能看到的资料上分析，毛文龙抵抗后金的意志是坚决的，其建立的江东防线对明朝作用是巨大的，毛文龙的存在，牵制着后金的军队不敢把进攻的战线拉得太长太深。毛文龙死后，后金的心腹大患解除，可以肆无忌惮的侵向大明腹地。在袁崇焕斩杀毛文龙五个月后，后金军取道蒙古绕开山海关，攻破遵化，蓟州，不久即兵临北京城下，发生了震动朝野己巳之变，经过艰苦卓绝的北京保卫战后金军撤退，但袁崇焕被崇祯皇帝逮捕下狱，八个月后被凌迟处死。
袁崇焕决心斩毛文龙应该是低估了毛文龙在东江以及皮岛的威望，袁崇焕以为东江局势换个人也一样，可惜的是千军易得，一将难求，毛文龙死后，没有人能够团结剩下的军队，很多人甚至投降了后金，这是袁崇焕始料不及的。毛文龙其实对他没有妨碍，哪怕不能相互协作，只要有个人摆在那里就是战略支撑，但他以为自已拿着把尚方剑别人就得听他的，最后不仅影响了大明帝国，也对自已造成了巨大的伤害。再说，他停止对毛文龙部的补给，擅杀毛文龙，解除后金的后顾之忧，很难让人觉得他是一心一意为了大明王朝。不过，他的民族英雄的历史定位也不能否定，毕竟也做出过巨大贡献，只是他的刚愎自用毁了自己，毁了大明王朝。崇祯杀他，也不是没有道理。至于说袁崇焕死于后金的反间计，这个也只是说辞而已，如果袁崇焕自己没有做那些让人不得不怀疑的事，反间计也无济于事。