会同县交通局的内部机构设置中，承担关键职责的部门如下：
1. 办公室主任向云 负责全局的日常组织协调，包括起草重要报告、工作计划，负责文秘、政务信息、督查等工作，指导交通法规政策的执行和咨询，以及机关社会治安、计划生育和人事管理工作。此外，还负责干部人事和局属单位领导的管理，以及劳动工资、专业技术干部和计划生育等工作。
2. 计划财务股股长杨学书 主要负责全县农村公路和水路的中长期规划、年度计划，管理项目申报、资金和验收，参与扶贫事项，监督工程质量与安全，管理市场秩序和招标监督。此外，他负责交通资产管理、交通投融资金管理，以及基础设施建设的规划和资金管理工作。
3. 政策法规股 负责根据国家政策制定行业管理规范性文件，并监督执行，进行法制宣传、行政复议、执法监督，以及公路、水路治理工作，包括行政诉讼和依法行政考核等。
4. 安全股股长林峰 主要负责水上交通安全监管，参与重大事故调查，指导消防安全，监督法律规章执行，同时负责局机关的安全保卫工作。
5. 运输管理股 负责公路、水路客货运输及相关市场的行业管理，包括紧急运输、运输服务质量、价格管理和科技工作。他们还负责公共汽车、城市出租汽车等城市客运的规划和政策监督。