有散文集、小说集及儿童文学作品30余种，包括《烟愁》、《红纱灯》（获中山文艺创作奖）、《三更有梦书当枕》、《髻》、《桂花雨》、《细雨灯花落》、《读书与生活》、《千里怀人月在峰》、《与我同车》、《留予他年说梦痕》、《琦君寄小读者》、《琴心》、《菁姐》、《七月的哀伤》以及《琦君自选集》等等。她也是著名电视剧《橘子红了》的原作者之一。
3合集
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《琴心》（散文、小说）国风杂志社 1954年，尔雅出版社 1980年
《琦君自选集》（词、散文、小说）黎明文化公司 1975年
《文与情》（散文、小说）三民书局 1990年
《琦君散文选》（中英对照）九歌出版社 2000年，新版 2007年
《母亲的金手表》九歌出版社 2001年，简体字版 中国三峡出版社 2002年
《梦中的饼干屋》九歌出版社 2002年，简体字版 中国三峡出版社 2002年
《琦君书信集》台湾文学馆 2007年
小说
《菁姐》（短篇）今日妇女半月刊 1956年，尔雅出版社 1981年
《百合羹》（短篇）开明书店1958年
《缮校室八小时》（短篇）台湾商务印书馆1968年
《七月的哀伤》（短篇）惊声文物供应社 1971年
《钱塘江畔》（短篇）尔雅出版社 1980年
《橘子红了》（中篇）洪范书店 1991年
散文
《溪边琐语》妇友月刊社 1962年
《烟愁》光启社 1963年，书评书目出版社 1975年，尔雅出版社 1981年
《琦君小品》三民书局1966年，新版 2004年
《红纱灯》三民书局 1969年，新版 2002年
《三更有梦书当枕》尔雅出版社 1975年
《桂花雨》尔雅出版社 1976年
《细雨灯花落》尔雅出版社 1977年，新版 2005年
《读书与生活》东大图书公司 1978年，三民书局 1986年
《千里怀人月在峰》尔雅出版社 1978年
《与我同车》九歌出版社 1979年，新版 2006年
《留予他年说梦痕》洪范书店 1980年
《母心似天空》尔雅出版社 1981年
《灯景旧情怀》洪范书店 1983年
《水是故乡甜》九歌出版社 1983年，新版 2006年；简体字版 湖北人民出版社 2006年
《此处有仙桃》九歌出版社 1985年，新版 2006年
《玻璃笔》九歌出版社 1986年，新版 2006年
《我爱动物》洪范书店 1988年
《青灯有味似儿时》九歌出版社 1988年，新版 2004年；简体字版 湖北人民出版社 2006年
《泪珠与珍珠》九歌出版社 1989年，新版 2006年
《母心‧佛心》九歌出版社 1990年，新版 2004年；简体字版 湖北人民出版社 2006年
《一袭青衫万缕情》（我的中学生活回忆）尔雅出版社 1991年
《妈妈银行》九歌出版社 1991年，新版 2005年
《万水千山师友情》九歌出版社 1995年，新版 2006年
《母亲的书》洪范书店 1996年
《永是有情人》九歌出版社 1998年，新版 2005年
儿童文学
《卖牛记》绘者:田原 台湾省教育厅 1966年，2006年 三民书局将旧版的《卖牛记》与《老鞋匠的狗》合一，成新版的《卖牛记》
《老鞋匠和狗》绘者:田原 台湾省教育厅 1969年
《琦君说童年》纯文学出版社 1981年，三民书局 2006年
《琦君寄小读者》纯文学出版社 1985年，健行出版社 1996年，2004年 原书更名为《鞋子告状—琦君寄小读者》九歌出版社
《桂花雨》绘者:黄淑英 格林文化出版社 2002年
《玳瑁发夹》绘者:黄淑英 格林文化出版社 2004年
论述
《词人之舟》纯文学出版社 1981年，尔雅出版社 1996年
《琦君读书》九歌出版社 1987年，新版 2006年
翻译
《傻鹅皮杜妮》国语日报 1965年
《凉风山庄》纯文学出版社 1988年
《比伯的手风琴》汉艺色研出版社 1989年
《李波的心声》汉艺色研出版社 1989年
《爱吃糖的菲利》（顽童菲利三部曲）九歌出版社 1992年，新版 2008年
《好一个馊主义》远流出版社 1992年
《小侦探菲利》（顽童菲利三部曲）旧版 九歌出版社 1995年，新版 2008年
《菲利的幸运符咒》（顽童菲利三部曲）九歌出版社 1997年，新版 2009年
4作品评价
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青年琦君
看琦君的文章就好像翻阅一本旧相簿，一张张泛了黄的相片都承载着如许沉厚的记忆与怀念，时间是这个世纪的前半段，地点是作者魂牵梦萦的江南。琦君在为逝去的一个时代造像，那一幅幅的影像，都在诉说着基调相同的古老故事：温馨中透着幽幽的怆痛。1949年的大迁徙、大分裂，使得渡海来台的大陆作家都遭罹(li)了一番“失乐园”的痛楚，思乡怀旧便很自然地成为他们主要的写作题材了。林海音写活了老北京的“城南旧事”，而琦君笔下的温州，也处处洋溢着“三秋桂子，十里荷花”的美好气息。
熟读琦君作品的读者都会感觉到琦君的母亲在她作品中所占的分量。琦君写得最感人的几篇文章几乎都是写她母亲。可以说母亲是琦君最重要的创作泉源。琦君塑造的母亲意象是一位旧社会中相当典型的贤妻良母，充满了“母心、佛心”──但这并不是琦君文章着力之处，而是琦君写到她母亲因父亲纳妾，夫妻恩情中断，而遭受到种种的不幸与委屈，这才是琦君写得刻骨铭心、令人难以忘怀的片断。看过琦君脍炙人口的名篇《髻（ji）》的读者，我想没有人会忘记二妈头上耀武扬威的发髻是如何刺痛着琦君母亲的心的。琦君替她母亲鸣不平，为她母亲立碑作传，忠实地记录下一位菩萨心肠的女人，在情感上被丈夫抛弃后，是如何默默地承受着非人的痛苦与屈辱。当然，琦君母亲的故事，只有在从前旧中国社会男尊女卑的家庭制度中才会发生。
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