妖怪的产生起初于远古人们对自然、动物的敬畏之心，人们把自己看不见、摸不着、无法控制的力量统统称为妖怪。日本是个对水非常崇敬的国家，所以很多传说和水有关，比如豆子婆婆，就是用筛子在水中捞人来吃的妖精；桥女则是为情投水自尽的女鬼；而活跃于江河之中的河童，其原型很可能是一种凶猛的淡水鳄鱼。
同样，日本又是一个多山的国家，所以传说中住在山上的妖怪也不少。 比如雪女，据说是被情人抛弃于雪山的女子所化，因此经常诱惑上山的行人，凡对其动情的人便会冻死。用外还有山童、山佬等妖怪。因此，在最初的民间传说中，妖怪往往造型恐怖，让人望而生畏。
据说因为鬼怪太多，日本古代设立了专门的阴阳师。这个职务的尊贵在平安时代达到高峰，因为这个时候日本国内社会动荡、人心不安，统治阶层没有解决的办法，于是把种种问题归结于神鬼，转移人们的视线。因此，人们在生活中不免小心翼翼，唯恐触犯某种禁忌招致鬼神报复。当时的阴阳师权力极大，天皇和大将军们的日常生活都受到他们的干涉，今天日本文化中的各种禁忌，大体就是那个时候遗留下来的。
到了江户时代，商业手工业繁荣，人们不用光靠老天爷赏饭吃了。于是妖怪们也摇身一变，成了住在各种物品道具里的精灵。最有名的是《百鬼夜行绘卷》，描画了琵琶、伞、木鱼、锅等各种旧物品因为要被人们丢弃，一怒之下变成了各种各样的妖怪半夜出来游的场景。此画被誉为日本妖怪画的鼻祖。
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