1。16S相似度。16S指的是核糖体小亚基的RNA组分，也就是16S rRNA。长度大约1500nt，不同物种略有差异。这里需要测全长的16S，一般用27F和1492R这对引物。扩出来之后送一代测序，然后去数据库比对，也就是BLAST。一般认为相似度超过97%的话，就是同一个物种；低于97%的话就是不同物种。这只能用来做初步判断，因为变形菌门可能相似度达到99%的仍然可能是不同的种（忘了是哪篇文献了，似乎是讨论97%阈值的）。但是这个指标可以简单的帮我们确定这个菌是哪个属，或者哪个科。定属还是靠谱的。
2。形态学观察。比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等。还包括最适生长条件的确定。
3。磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。
4。呼吸醌。看一下占优势的呼吸醌是哪种。这个有种特异性。
5。分子杂交。测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。相似度超过70%是一个种，低于70%是不同物种。阈值的数值记不清了，大概是65-70%吧。
6。碳源利用情况。看一下能利用哪些碳源。95种碳源的测试。
7。API试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。
8。GC含量。
9。革兰氏染色。
确定了新种之后，需要命名。命名用的是现代拉丁文或者希腊文，因为拉丁文已经是死文字了，语义不会再变化。生物的拉丁名都是有意义的，比如Arthiobotrys oligospora，这是一种真菌，中文名寡孢节丛孢。是节丛孢属的。种名oligo表示稀少的，spora表示孢子。属名我不会拆词，但是节肢动物的名字是Arthropoda，所以可以看出属名是带“节”的，表示分节。Pseudomonas aeruginosa，铜绿假单胞菌。pseudo是假的，伪的，monas表示单一的，单个的，aeruginosa表示铜绿，也就是铜锈。需要注意拉丁文和希腊文是分阴阳性的，这个在解释命名的时候都会有。
分类的话，原核生物有细菌，放线菌，蓝细菌，支原体，立克次氏体和衣原体，真核生物常见的有酵母和霉菌，藻类和原生动物。下面给你介绍科学分类鉴定物种的方法，那就是微生物分类学。先给你看几个微生物的拉丁文命名你就知道了。Bacillus subtilis 枯草芽孢杆菌 Staphylococcus aureus 金黄色葡萄球菌 Escherichia coli 大肠杆菌Aspergillus flavus 黄曲霉 Penicillium chrysogenum 产黄青霉 Mucor 毛霉属 Rhizopus oryzae 米根霉你发现了么，球菌就是cocus，bacillus就是有芽孢，penicillum是青霉属，大概就是这么回事，拉丁文命名会包含那个微生物的形态特征还有种属问题，所以研究一类微生物的性状很重要。其实不仅仅微生物分类物种是这样的，动物，植物分类基本都是这么个思路，但是微生物的种类分布相当之多，所以分类每年都在更新，有个《伯杰氏鉴定细菌学分类手册》，这个就好比新华字典，分类学权威。
生物分类的基本单位。物种是由共同的祖先发展而来的、是生物继续进化的基础。不同物种的生态特点不同 。物种，简称“种”,是生物分类学研究的基本单元与核心。它是一群可以交配并繁衍后代的个体， 但与其它生物却不能交配，不能性交或交配后产生的杂种不能再繁衍。Mayr1982年对物种进行了重新定义他认为物种是由居群组成的生殖单元和其它单元在生殖上是隔离的， 在自然界占据一定的生态位置。基本定义编辑物种是生物分类学的基本单位。物种是互交繁殖的相同生物形成的自然群体，与其他相似群体在生殖上相互隔离，并在自然界占据一定的生态位。对于植物而言，二倍体小麦与四倍体小麦之间虽然不能得到可育的后代，但它们属于同一物种中的不同亚种。
