区别太大了，精灵、技能、剧情什么的都有很大的差别
对战场景，图片，地图美化，加人透明对话框
添加了之前从没有涉及的一
周目主线，并且制作了全新的原创二周目主线剧情以及三周目支线剧情。
一周目标题为“引导”，舞台在游戏世界Genera中的
丰缘地区，是因为不明原因而沉睡的主角的回忆，将之前的主线剧情包含其中，并在火岩队和水舰队的两个反派事件之上，增加了
火箭队的主线剧情（与回忆不同的原因会在游戏剧情中具体解释），而这也是为二周目的剧情埋下了一些重要的伏笔。
衔接一二周目的过渡章节——间章1“觉醒”，间章2“迫近”比较短的章节，完成一二周目的衔接，讲述主角沉睡前的最后回忆，各个地区的冠军以及重要NPC将在此章初次登场，同时银河团以及等离子团也初次正式登场。
二周目标题为“映射”，是完全原创的全新主线剧情，流程长度超过一周目新增的火箭队剧情很多，舞台是在漫画世界Creatio的原创大陆
赛诺地区。是在之前的梦
世界地图大幅度扩充新的城市道路以及迷宫，包括全新的8个道馆以及精灵联盟，馆主和天王冠军皆为原创人物（二周目8个道馆的属性加上一周目的8个以及三周目的1个隐藏道馆，对应第六世代之前的全部17个属性），主线剧情是关于银河团和等离子团的，历代的大部分冠军级的重要NPC在主线剧情中都有登场。
断章“隐匿”交代一些隐藏的
人物设定，在剧情上埋了一些伏笔，这些伏笔对应的剧情在5.0中没有展开，但是细心的玩家应该可以发现一些端倪。
三周目标题为“未来”，为自由行动（类似原本口袋的二周目），也是口袋历作的真正精髓所在，对战方面主要的增加为之前剧情中提及的在水静市北方新增对战设施“魅影
摩天楼”，可对战人物包括
口袋妖怪前五世代的所有历代正统作品中的全部馆主天王以及冠军，实现了在BW2的PWT公布之前就有的改版的最早设想之一（魅影摩天楼中有一个类似于秘笈的彩蛋，大家有兴趣可以去探索一下）。除此之外也开启了最后一批传说精灵的相关剧情的捕获。动画世界Abando虽然由于设定上不如漫画以及游戏严谨而没有再出现剧情中出现，但在三周目中增加了动画中小智和火箭队的对战，使用精灵为动画中使用过的精灵的6只组成的队伍。
对战上种族值和属性的修改一直是漆黑的魅影最为饱受争议的地方，5.0按照第五世代的数据，还原了全部精灵的种族值以及属性，同时也欢迎技能的威力和属性，并且对精灵的技能列表进行了调整，修复了之前精灵低等级学会过强技能的问题，也修复了精灵无法学会应有的重要技能和大部分的学会本不应该掌握的问题。新增（非替换）110个新技能，包括了第四世代和第五世代的大部分常用技能已经一些原创技能
技能方面
增加了64个技能的定点教学，包括了
绿宝石没有的技能机器和其他后世代的定点教学技能，使得精灵的技能配置更为完善。包含在4.5EX的打补丁版本中新增的第四世代和第五世代的新特性新增加一些第四世代和第五世代的道具技能机器扩充为56个，并由一次性使用改为第五世代开始的无限使用
精灵方面
通过替换的方式添加了一些PM（即整体精灵数量仍为411），包括雷电狮，毒骷蛙，姆克鹰，暴雪王，达摩狒狒，冰精灵，叶精灵，
黑色酋雷姆，白色酋雷姆。并将
伊布的进化分支数由5增加到7。
其他细节调整，例如中毒在战斗外行走时不再掉血，孵蛋等级调整为1级等后世代的设定优化，和重要NPC的对战音乐以及神兽的对战音乐，野生精灵的遇敌率和流程等级增长速度等细节上的优化，修正了绿宝石的
随机数生成异常的BUG和红榴果BUG（参考了HackMew的资料）等等。
参考：漆黑的魅影吧