48集 外交官杀人事件(前篇)
剧情简介：突然有个叫服部平次的关西人来到小五郎的事务所。这时正好有委托人上门。当大家到达委托人家时，主人达村外交官已经死了。服部平次收集了密室杀人的证据并据此推理。柯南因为重感冒倒下了...
49集 外交官杀人事件(后篇)
剧情简介：服部平次用推理逼出凶手。虽然连凶手自己也承认了，但突然有声音说：“不对，凶手不是他！”——说这话的人竟然是新一！新一指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手。可是，在这之后，工藤新一又一次消失了…
162集 飞天密室 工藤新一最初的事件
剧情简介：阿笠博士抽奖抽中了旅行券，于是小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一一起去洛杉矶时在飞机上发生的杀人事件。那么这就是新一最初的一页…
190集 危命的复活 第三种选择
剧情简介：柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼。当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南出院后也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。死因是——氰酸钾！
191集 危命的复活 黑衣骑士
剧情简介：在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。原来由新出医生扮演的黑衣骑士却换成了……目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时意外的人物出现了！
192集 危命的复活 新一回来了
剧情简介：新一的出现圆满解决了案件。变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的瞭望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
193集 危命的复活 约定的场所
剧情简介：虽然可以确定凶手就是大场先生，但是还有两个疑点未能破解，就在新一深入调查的时候，他的身体突然一阵疼痛，药物正在渐渐失效，他强忍住即将变小的身体所带来的痛苦，坚持将案件的真相公诸于众，案件完美解决之后，新一又变回了柯南，再次的突然离开，他将如何向小兰解释？
219集 被召集的名侦探 新一 VS 怪盗基德
剧情简介：打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到一封附有支票的不明发信人的信函，并且在其上方还有一行奇怪的话语。
286集 工藤新一NY事件(事件篇)
剧情简介：解决了横滨中华街的命案之后，小兰突然倒地不起，在发高烧的情况下想起过去碰到的命案。那是与新一去纽约时发生的事情，有希子带他们两人一起去看话剧，在剧场门口与明星莎朗汇合后，大家一起去参观开演前的舞台陈设，不想这时却发生了意外...
287集 工藤新一NY事件(推理篇)
剧情简介：幸运的是两人都没有受伤，演出也能顺利进行。然而，就在大家惊讶于华丽的舞台和逼真的场景时，烟雾缭绕剧场内却发生了命案，死者是话剧的男主角，案发时，新一立刻跑到舞台上并在那里发现了手枪和空弹壳，之后又想起了出现在舞台上的红色瞄准线...
288集 工藤新一NY事件(解决篇)
剧情简介：之后，新一又对舞台重新进行调查，并注意到了舞台的活动机关，如果利用这个的话凶手及其犯案手法都不难推断，他将事情的真相告诉有希子，由她揭穿凶手，然而，在凶手被警方带走前却说了一句让小兰很介意的话...
572集 新一的真实身份和小兰的眼泪
剧情简介：小兰从昏迷中醒来时发现自己在一个小木屋里，并且身上的伤也被人包扎好了，这时，小五郎他们也找到了这里，服部在隔壁的房间发现了很多新线索，他把案件从新理顺后，将所有人都叫到了村长家，并指认这个用刀刺伤河内深里的人就是他身旁的工藤新一...
574集 真正想知道的事
剧情简介：死罗神和服部一唱一和，两人一起揭穿了假新一的身份并且还将当年村长及其妻子遇害一案再次向大家说明，而这个死罗神自然也就是工藤新一本人。案件结束后，新一的身体再次发生变化，幸亏灰原的及时赶到，新一才保住了秘密不被发现，在驱车回家的途中，一辆车很危险的在马路上行驶，当大家努力将其拦下后却发现开车的人已被人勒死。
001 云霄飞车杀人事件（还没变小）
002 董事长千金绑架事件 （兰的回忆&.远影）
007 每月一件礼物威胁事件 (远影)
010 足球选手恐吓事件 (照片、想像&.投影)
018 六月新娘杀人事件 （回忆)
026 爱犬约翰杀人事件 (回忆）
032 咖啡店杀人事件 (回忆）
042 卡拉OK厅杀人事件 (远影）
048 外交官杀人事件(前篇 (回忆）
049 外交官杀人事件(后篇) （喝白干变大)
057 福尔摩斯迷杀人事件(前编) (回忆)
076 柯南对怪盗基德 (远影)
084 滑雪别墅杀人事件(前篇) (回忆）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 (照片＆.想像)
100 初恋情人回忆事件(前篇) (回忆)
101 初恋情人回忆事件(后篇) (回忆）
118 浪花连续杀人事件 (平次的梦－－工藤被袭击)
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (远影)
162 飞天密室！工藤新一最初事件（兰回忆的~）
190 危命的复活～第三种选择(平次扮的,其实新一也在哦~)
191 危命的复活～黑衣骑士 (变回来的)
192 危命的复活～新一回来了(药效没过...)
193 危命的复活～约定的场所(药效没过,但结尾就过了...)
219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德 (回忆)
239 大阪的3个K事件(后篇) (远影)
250 偶像们的秘密(后篇) (星野辉美手中的剪报)
255 松江玉造连句十四次胜负(前编) (出现原因不明新一看见小狗走神）
271《急忙掩饰的忽略 前篇》(小兰上课走神，想起了赤井秀一和新一）
278 英语教师VS西部名侦探(后编) （照片）
280 迷宫的阴暗（后篇）（柯南回忆足球明星比护来学校找他加入球队）
285 中华街雨中的似曾相识(后篇) (兰的错觉)
286 工藤新一NY事件(事件篇) (回忆）
287 工藤新一NY事件(推理篇) (回忆）
288 工藤新一NY事件(解决篇) (回忆）
300 友情与杀意的关门海峡(后篇) (回忆）
304 震动的警视厅 1200万人质 (兰的错觉＆.远影）
312 染上夕阳的布偶（前篇）(回忆)
330 被挑拨的友情（后篇）(回忆)
331 疑惑的咖喱饭（上篇）(想像)
343 便利店中的阴谋(前篇)(回忆&.远影)
344 便利店中的阴谋(后篇) (错觉、照片&.远影)
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（假扮&.回忆）
383 来自甲子园的恶魔的挑战（兰的回忆）
387 斯特拉蒂瓦里的不谐和音（尾曲）（柯南回忆自己唱歌－－恐怖啊）
400 心存疑惑的兰(回忆&.远影）
410 同时进行的舞台剧和绑架案(后篇)（回忆）
411 神社牌楼的惊人暗号
412 神社鸟居之惊悚暗号(远影）
422 银杏色的初恋(后篇)（回忆）
413 完全一半犯罪之谜 （柯南的回忆）
437上户彩和新一 四年前的约定（回忆）
472 少年工藤新一的冒险（前篇）
473少年工藤新一的冒险 （后篇）
490工藤新一vs服部平次 滑雪场的推理对决（中学时候，推理部分最好看）
521 杀人犯、工藤新一(以其身份登场的是个整容的犯人,真人开始是柯南,之后化妆成死罗神)
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
特辑：
飞上天空的十颗行星
ova：
01－柯南vs基德vs铁剑
02—十六个嫌疑犯（兰的回忆）
08—女子高中生侦探---铃木园子的事件簿（兰的想象）
09（M12特典）—工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件
剧场版：
1997 引爆摩天楼 （远影）
1998 第十四个目标 （远影&.回忆）
1999 世纪末的魔术师 （错觉&.假扮）
2000 瞳孔中的暗杀者 （照片、远影&.回忆）
2001 通往天国的倒数计时 （远影）
2002 贝克街的亡灵 （兰的回忆）
2003 迷宫的十字路 （回忆&.变回来的&.远影）
2004 银翼之魔术师 （假扮&.远影）
2005 水平线上的阴谋 （回忆&.远影）
2006 侦探们的镇魂歌 （回忆&.远影）
2007 绀碧之棺 （兰的回忆）
2008 战栗的乐谱 （兰的回忆)
2009 漆黑的追踪者 （吃了药，变大）本回答被提问者采纳
TV版
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）
190 危命的复活 第三个选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
521 杀人犯-工藤新一
522 新一的真实身份与兰的眼泪
523 真正想问的事
剧场版
07 迷宫的十字路口
049 外交官杀人事件(下集)
：162 飞天密室 工藤新一最初的事件★
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三个选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
286 工藤新一纽约事件(事件篇)
287 工藤新一纽约事件(推理篇)
288 工藤新一纽约事件(解决篇
400 持有疑惑的小兰
472 工藤新一少年的冒险(前篇)
473 工藤新一少年的冒险(后篇)
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决