清朝有四大迷案，分别是太后下嫁、顺治出家、雍正被刺以及偷龙换凤。
首先来说太后下嫁是怎么回事。迷案中的太后是皇太极的妃子博尔济吉特氏，十三岁就嫁给了皇太极做侧福晋。而下嫁，是指嫁给多尔衮。看过《美人无泪》的应该就知道这部电视就是讲的这段历史，多尔衮是皇太极的弟弟，而孝庄又是皇太极的妃子，二人是兄嫂关系。皇太极死后，王公大臣各自心怀鬼胎，一场皇位争夺战一触即发，而多尔衮本来也是有机会继承皇位的。单多尔衮却选择了成为摄政王，辅佐孝庄的儿子福临为皇帝。
于是众人猜测是因为孝庄下嫁给了多尔衮，这件事还是有一些证据的。《建夷宫词》中就提到，"上寿成为合卺尊，慈宁宫里烂盈门。春宫昨进新仪注，大礼恭迎太后婚。"这句话的意思就是太后的寿辰喝婚宴办在一起。还有一个证据就是多尔衮的称谓发生了变化，其称谓从摄政王变成了皇父摄政王。但孝庄嫁给多尔衮的原因就不得而知了，也许就像电视里演的一样，二人本来就是青梅竹马，也有可能是孝庄想借多尔衮的势力来辅佐自己儿子。
顺治出家这个疑案是怎么来的呢，一是当时说顺治有个非常喜欢的妃子去世了，顺治非常伤心，于是便出家了，后来康熙皇帝又多次与其母后一起去了五台山，大家便猜测是顺治帝出家五天山，康熙去寻找他的父亲。他的爱妃死后，顺治确实是想要出家的，还举行了削发仪式，不过遭到了孝庄的组织，所以并没有成功地出家。
迷案之三是雍正的死因，其中的一个说法就是雍正七年的曾静、张熙一案中，吕留良有一个幸存的孙女，精通剑术，潜入宫中，刺死了雍正，并把他的头颅割了下来，不过这一死因并未得到证实。
偷龙换凤指的是清世宗胤禛与海宁陈氏换子的传说。传说清世宗与陈氏交好，后来两家在同一时间生子，于是清世宗命人将陈氏的孩子抱入宫中，等到送回去的时候陈氏发现自己的孩子从男孩变成了女孩，这才知道自己的孩子被换了，但是又不敢出来声张，只能隐忍下来。不过这个传说盛传与前清末年，这一时间革命之风盛行，其真实性也不得而知了。