这五大疑问分别为，伊朗怎么误击乌克兰客机；伊朗又是用的什么武器误击乌克兰客机；伊朗方面雷达真的没有分辨出乌克兰客机么；为什么客机上那么多加拿大人；关于客机上人员赔偿以及相关人员惩罚问题。
1.伊朗怎么误击乌克兰客机；这就要出之前的局势开始说起，美伊两方本就处于紧张状态。伊朗方面对于领空内的异动几乎上是相当紧张的，据伊朗人员声称，乌克兰客机有飞向军事敏感区域，所以会被伊方军事人员认为是极具威胁目标，然后才有后来的飞弹击毁客机的惨案发生。
2.伊朗使用的什么武器误击乌克兰客机；关于这个问题，伊朗方面使用的是自俄罗斯采购的SA-15型地对空飞弹。当时事件发生时，伊方人员对乌克兰客机发射了两枚飞弹，其中一枚在客机附近爆炸，造成了客机损毁的惨案。
3.伊朗方面雷达真的没有分辨出乌克兰客机么；这个问题就相当微妙了，正常来说，伊方雷达是能够极其准确的分辨出客机信号的。但是较早前以色列曾有模拟民航信号攻击他国的先例，所以即便是确定了但是无法认证真的是客机。而且客机还在飞行中有过不正常的急速转向行为，更加加大了伊方操作人员的怀疑性。伊方防空系统也是在惨案发生前极短时间内安装完成的，数据交换存在一定的疑问。这些种种原因交织在一起，造成了这起惨案的发生。
4.客机上为何这么多加拿大人；这个问题很好解释，因为美伊矛盾，欧美的航空公司因害怕夹在两方之中，利益受到损害，所以就取消了直飞伊朗的客机航班。这就造成了许多欧美人士，只能通过乌克兰的客机航班飞离伊朗。
5关于客机上人员赔偿以及相关人员赔偿问题；客机上人员赔偿这个要看两方，先是乌克兰航空公司。这个根据相关国际条约，航空公司要向死难者家属赔偿最多14.5万美元，当然这个要根据具体情况上下浮动。而伊朗方面伊朗总理宣称会对每位死难者家属赔偿1万美元左右。这个只是宣称上的赔偿，要是不满意还可以打国际官司。而相关人员惩罚，近日伊朗方面的一位高级指挥官已经站出来背黑锅，具体惩罚措施要看伊朗方面的裁定。