太祖是庙号，高皇帝是尊号，因为司马迁在《史记》里称呼他“高祖”，所以后人也就这么跟着叫了。附《史记·高祖本纪》：群臣皆曰：“高祖起微细，拨乱世反之正，平定天下，为汉太祖，功最高。”上尊号为高皇帝。
拓展：“汉高祖”称号的来历：
开国皇帝之后的嗣君一般称为“宗”，而是一种习惯；作为汉朝开国皇帝，应该是简化说法。特例，谥号“高皇帝”，除了“汉高祖”，其实刘邦还是太祖，但是司马迁史记里说到“汉高祖”，不太合史实，后人就都称之为汉高祖了。 汉太祖，刘邦最终的庙号为“太祖”，惠帝即位尊刘邦为高祖、明太祖、明神宗等、宋太宗，景帝因为以其父文帝为太宗,才是刘邦的真实庙号。还有唐朝的开国皇帝也被称为“唐高祖”，如唐太宗。起初，有少数开国皇帝被称为“高祖”的，故改高祖之号以为太祖，死后被北周追封为唐国公。
隋文帝和隋高租是2个不同的概念。文帝是谥号，高祖，是庙号！皇帝，特别是秦朝以后的皇帝，一般都具有庙号、年号、谥号，有的还有各种封号！在秦始皇统一天下后，他认为谥号，是一种后人对前人，子对父，臣对君的评价，是一种僭越，不合纲常伦理，是对死者的不尊敬，所以下令废除了给人取谥号这一惯例！直到汉朝以后，汉武帝又恢复了这一惯例！所以一个皇帝，他一般是既有谥号又有庙号的！谥号是指一个人死了只后，后人根据他一生的所作所为，给予一个适当的评价，通常简称为一个字或2个字，谥号不一定是帝王的特有专属！一般士大夫或者高官，都会有。庙号是皇帝特有的！庙号就比如高祖啊，太宗啊等等。