五四运动时，北京大学学生干事会的负责人有高君宇、许德珩等。北京大学学生干事会和北京学生联合会在五四运动中成立了，学生领袖许德珩、黄日葵被推选为负责人，运动中的学生领袖还有张国焘、邓中夏、傅斯年、罗家伦等。6月陈独秀和11个学生领袖被捕后，北京学联正群龙无首，张国焘旋即被推为总干事，并和李大钊联手将被捕者营救出狱。
一二九运动时，北大学生会主席是黄敬。而运动公开最高指挥则是一个女中学生，北平大中学生抗日救国联合会推选18岁的郭明秋为学联主席。
新中国成立后，北大学生会于1954年召开了第一次学生代表大会，成为新中国大学生民主建设的一个新起点；1979年第十二届学生会创造性地将学生会执行和监督机构分开，成立了学生会执行委员会和常务代表会议；1998年第二十五次学代会选举制度通过了《学生会中期调整办法》。北大学生会现行组织机构由学生会常务代表委员会（简称常代会）和学生会执行委员会（简称执委会）组成。常代会是学代会闭会期间的学生会常设权力机构，执行由学生代表大会赋予的职权。负责解释学生会章程、决策重大事务，反映学生意见、维护学生权益等工作。代表委员从学生代表大会的代表中民主选举产生，对所在院、系的会员负责。常代会委员民主选举产生常代会会长一名，副会长二至三名，常代会会长和副会长组成会长团。执委会是学生会工作执行机构，共十数个部门（每届按需有细微变动），主持开展校园学术、科技、文艺、体育、实践活动以及校际、地区际和国际学生交流活动项目。执委会主席团是执委会的领导机构，设主席一人，副主席三至六人。
常代会的部门有：办公室，财务部，规章理论部，监察部，权益部，提案调研部，宣传联络部。执委会的部门有：办公室，骨干培训部，宣传部，外联部，国际交流部，福利部，生活部，文艺部，文化部，体育部，学术部，实践部，发展部。
