昆山市第三人民医院拥有广泛的科室设置，包括内科、外科、妇产科、血液肿瘤科、骨科、小儿科、精神科、心理科等，涵盖了二十多个临床科室，确保了全方位的医疗服务。在新病房大楼中，设有8个病区和现代化标准手术室，与苏州市第一人民医院合作的肾内科和血透中心，是当地最大的肾脏病诊疗中心。
医院持续推动科技与质量的提升，积极发展医疗业务。其中，血液肿瘤科和精神科分别被确立为昆山市的重点和特色专科。外科不仅常规进行普外科手术和颅内血肿清除等脑外科操作，还积累了丰富的经验处理急性坏死性胰腺炎和外伤性腹内大出血，擅长利用腹腔镜进行各类手术。内科在临时起搏器应用和PICC置管术上表现出色，妇产科则常规提供剖腹产和全子宫切除术等手术。骨科的医疗技术也十分先进，能成功完成胸腰椎暴裂骨折复位固定、膝关节和全髋置换等高难度手术。
总体来说，昆山市第三人民医院凭借其全面的科室设置和专业的医疗技术，为市民提供了高效、专业的医疗服务。
昆山市第三人民医院地处昆山市区，是城区北部的诊疗中心，现为苏州大学和江苏职工医科大学的教学医院。目前有职工364人，其中市级学科带头人3名，中高级职称74人。医院占地面积27亩（18009M2），建筑面积29000M2。医院设有内科、外科、妇产科、血液肿瘤科、骨科、小儿科、精神科、心理科、ICU、急诊科、微创外科、脑外科、中医科、皮肤科、口腔科、耳鼻咽喉科、眼科、肾病内分泌科等二十多个临床科室及完整的医技科室。