1.村级组织建设存在漏洞
领导班子在集体发展中起到了指引方向的作用，因此，领导班子建设的完善与否，素质水平的高低都会影响集体的发展。因此，在村级经济发展中，村级组织的建设影响重大。目前村级组织建设中普遍存在漏洞，主要表现在以下3个方面。
首先，不重视基层班子建设。很多乡镇在农村建设中将大部分精力放在经济工作中，而对基层班子的重视度不足，基层班子不完善，并且没有足够的后备力量，致使基层干部老龄化严重，并且现任干部文化程度以及综合素养相对较低，这在一定程度阻碍了村级经济的发展。其次，村级组织建设制度不完善。这主要体现在干部的任用、选拔以及培养上，目前很多农村村干部选拔靠的是家族势力或者帮派势力，谁的“拳头硬”谁“财大气粗”谁就能当选村干部，而真正能够在村级经济建设中发挥作用的优秀人才无法进入基层班子，主要原因就在于缺乏有效地管理约束机制，没有完善的制度规范干部选拔以及干部任用。最后，基层班子工作松散、协调性差。
2.土地经营中存在的问题
城市化发展速度的加快，城市建设规模的扩大，使得建筑用地紧张。而扩张的土地需求对村级经济的发展影响极大。农村存量土地以及商铺租金、厂房等开始成为收入的主要来源，农村集体开始将非农收益，即土地经营作为重要的经济发展途径。
宪法规定“农村土地归农民集体所有”，但作为下位法的《土地管理法》规定，只有兴办乡镇企业和村民建设住宅或者乡镇、村公共设施和公共事业的情况下，经依法批准才可以使用集体经济组织农民集体所有的集体土地使用权不得出让、转让或出租用于非农业建设让对民间私人资本推动的农村工业化，引起的对集体非农建设用地需求扩张估计不足，事先规划中并没有留有合理空间，用创办私人企业。因而部分农村中开始私下进行非农建设用地的流转，这种私下的土地流转行为给城市规划、土地利用规划工作带来了不利影响，并且这种行为不受法律保护，一旦出现争议，将会给农村集体带来巨大的经济损失。