《柯南》主线剧情有如下：
1集、云霄飞车杀人事件
2集、董事长千金绑架事件
3集、偶像密室杀人事件
4集、大都会暗号地图事件
5集、新干线大爆破事件
6集、情人节杀人事件
7集、每月一件礼物恐吓事件
14集、奇怪的寻亲杀人事件
33集、咖啡厅杀人事件
43集、卡拉OK厅杀人事件
44集、江户川柯南诱拐事件
49-50集、外交官杀人事件
51集、图书馆杀人事件
53-54集、雾天狗传说杀人事件
56集、电玩公司杀人事件
59-60集、福尔摩斯迷杀人事件
78-79集、柯南VS怪盗基德
99-102集、走投无路的名侦探！连续两大杀人事件
124-125集、浪花连续杀人事件
135集、黑衣组织10亿元抢劫事件
136-139集、来自黑衣组织的女子集、大学教授杀人事件
140-141集、竞技场无差别胁迫事件
172-173集、飞天密室集、工藤新一最初的事件
181-182集、黑暗中的死角
190-192集、与黑衣组织的再会
203-208集、危命的复活
209-210集、意味深长的八音盒
235-238集、被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德
241-243集、人鱼失踪记
245-246集、格斗游戏的陷阱
249-250集、神秘的乘客
261集、元太的灾难
265-266集、陷入网中的谜团
272-273集、本厅刑事恋爱物语4
277-278集、来自芝加哥的男子
291-292集、犯罪的遗物
293-294集、急忙掩饰的忽略
299-300集、英语教师VS西部名侦探
301-302集、疯狂足球迷
306-307集、中华街集、雨中的似曾相识
308-310集、工藤新一纽约事件
311-312集、光彦森林迷失记
332-333集、遗留的无声证言
334-336集、与黑衣组织的接触
354-355集、金钱买不到的友情
360-361集、东都显影所的秘密
363-364集、四辆保时捷