知道江户川柯南真实身份的有阿笠博士、工藤优作、工藤有希子、服部平次、宫野明美、灰原哀、贝尔摩得、本堂瑛祐、冲矢昴、世良真纯、怪盗基德、诺亚方舟、爱尔兰、鲁邦三世、石川五右卫门。
1、有阿笠博士，在新一被变小后，他介绍新一寄宿在毛利小五郎家中，而且还发明了许多设备帮助新一破案，是柯南最信任的理解者、协助者。
2、灰原哀，在姐姐宫野明美遭组织杀害后，因反抗组织而被囚禁，服下APTX4869，身体缩小后背叛组织逃亡，化名灰原哀，寄宿于阿笠博士家中，就读于帝丹小学一年B班。
3、服部平次，在调查一起案件时发现了江户川柯南的真实身份就是工藤新一，是《名侦探柯南》中第一个主动发现江户川柯南身份的人。
4、怪盗基德，第一代的真实身份为黑羽盗一，现在第二代为黑羽快斗。一个充满传奇色彩的怪盗，拥有过人才智，精通易容、变声、逃脱术，以珠宝等各类贵重艺术品为目标。
5、冲矢昴，暂住在工藤新一家，是个左撇子，总是眯着眼睛，身手矫健，推理能力极强。知晓柯南真实身份，经常协助柯南等人，柯南对他也非常信任。
已经确定得知柯南身份的人：
阿笠博士，是第一个得知柯南真实身份的人，并帮助其继续掩饰身份。
服部平次，通过推理得知，并帮助其继续掩饰身份，服部平次是剧中第一个主动发现柯南身份的人。
工藤新一父母，经阿笠博士解释后得知，并帮助其继续掩饰身份。
灰原哀，真名宫野志保，原黑衣组织成员，代号“雪莉”，后背叛组织。通过电脑记录查询和暗中调查后得知柯南身份，并帮助其继续掩饰身份，同时也是唯一一个与柯南遭遇相同困境的人。
贝尔摩德，真名克丽丝·温亚德，表面身份为美国百老汇演员，真实身份为黑衣组织高级干部。经过电脑记录查询和暗中调查后得知，并帮助其继续掩饰身份，但动机不明。
水无玲奈，真名本堂英海，美国CIA特工，通过推理及观察柯南行为后得知，并帮助其继续掩饰身份。
茱蒂·斯泰琳，美国FBI特工，通过推理及观察柯南行为后得知，并帮助其继续掩饰身份。
赤井秀一，美国FBI特工，通过推理及观察柯南行为后得知，尔后依靠柯南的帮助成功“假死”而欺骗琴酒，并将本堂瑛海重新打入组织内部。
安德烈·卡迈尔，美国FBI特工，通过推理及观察柯南行为后得知，并帮助其继续掩饰身份。
詹姆斯·布莱克，美国FBI特工，通过推理及观察柯南行为后得知，并帮助其继续掩饰身份。
怪盗基德，真名黑羽快斗，通过推理及观察柯南行为后得知，并帮助其继续掩饰身份。世界级超级大盗，多次盗窃名贵珠宝至今从未失手。
本堂瑛佑，本堂瑛海弟弟，通过推理后得知，目前已离开日本。（本堂瑛佑目前是一个动机不明的人，他第一次登场时就早已得知柯南身份，但是却不说破，而且用激将法逼迫柯南自己承认）
世良真纯，赤井秀一妹妹，通过推理，电脑记录查询以及观察柯南行为后得知，并帮助其继续掩饰身份。世良真纯与工藤新一在小时候曾经有过一面之缘。
鲁邦三世，使用来历不明的手段得知柯南身份，一个汪洋大盗，作案次数远远超过怪盗基德。
峰不二子，使用来历不明的手段得知柯南身份，她与鲁邦三世一样是一个江洋大盗。
宫野明美，灰原哀姐姐，由柯南亲口讲述而得知柯南身份，尔后被黑衣组织暗杀。
安室透，拥有三重身份。第一层身份为咖啡馆工作人员，第二层身份为黑衣组织成员，代号波本。第三层身份为日本卧底警察。
领域外的妹妹。真名不详，在电视剧第863集中由世良真纯透露出其真实身份，是世良真纯的妈妈，但因不明原因而身体缩小为初中生模样，目前与世良真纯一起住在酒店里。在电视剧第963集中偷走了柯南的领结变声器并代替柯南进行推理，因此可以证明领域外的妹妹已经得知柯南真实身份。
爱尔兰。登场于剧场版《漆黑的追踪者》，真名不详，黑衣组织成员，代号“爱尔兰”。爱尔兰通过入侵警方的内部系统得知柯南的真实身份，电影最后被琴酒下令枪杀。
库拉索。登场于剧场版《纯黑的噩梦》，真名不详，黑衣组织成员，代号“库拉索”。库拉索通过入侵日本公安厅的内部系统得知柯南身份，不仅如此，甚至掌握了所有潜伏在黑衣组织里的卧底名单，是一个极度危险的人物。尔后被日本警方追击，过程中不慎发生车祸而导致失忆。电影结尾被柯南等人感化，恢复记忆并决心改邪归正。
山能寺住持。登场于剧场版《迷宫的十字路口》，只出场一次。在电影的最后对柯南和服部平次回眸一笑，并称赞他们是“最佳拍档”，因此可证明他得知柯南身份。
此外还有疑似得知柯南身份的人：
高木涉，东京府刑事搜查一科警察，在《震惊警视厅1200万人质》中，经柯南提示后，疑似得知柯南身份，但目前尚不明确。
诺亚方舟，由日裔美国人弘树开发的高级智能电脑。在剧场版《贝克街的亡灵》中，通过黑客技术和DNA溯源得知柯南身份。但由于这是一台电脑而不是人，它的开发者弘树也已经死亡，因此疑似得知柯南身份。
琴酒，黑衣组织高级干部，柯南的头号杀手，直接导致工藤新一缩小的元凶。在《满月之夜的二元推理》中初步怀疑工藤新一死亡的真实性；在《与黑衣组织的接触》中，琴酒明显感觉到有一个“很像侦探的人”在接近组织。
毛利小五郎，毛利兰父亲。表面上是一个好色，好吃懒做的酒鬼和烟鬼，然而实际上内心复杂。在剧场版《水平线上的阴谋》中，出人意料的先于柯南解决案件。在剧场版《侦探的镇魂歌》中，有意识地配合柯南进行调查取证。进一步佐证了毛利小五郎疑似得知柯南身份。
黑田卫兵，日本警视厅刑事部搜查一课管理官。黑田卫兵在电视剧第811集中，未经任何人介绍，就准确地说出了柯南的名字。此外，灰原哀表示对他有疑似黑衣组织的感觉。因此黑田卫兵有可能是黑衣组织成员，也可能得知了柯南身份。
若狭留美，日本帝丹小学一年级B班班主任。在电视剧第889集中，她有意识地提醒柯南发现线索；在遭遇匪徒时，仅凭一人之力单挑三个成年男性并将其全部打倒在地，而事后却跟柯南等人解释说是自己不小心打中他们的。因此若狭留美绝不只是一个简单的小学教师，目前尚不明确她是否清楚柯南身份，但可能性非常高。也有另一种说法是她有可能是黑衣组织成员，是那个代号为“朗姆”的神秘人物。
朗姆，黑衣组织成员。在电视剧第783集中由赤井秀一提到，他表示朗姆是黑衣组织的第二把手，地位高于琴酒。但是目前其姓名，性别，国籍，身份等信息均不明确。惟一的一个关键线索，就是朗姆曾经因为事故，丧失了一只眼睛，是一个独眼龙。朗姆曾经数次怀疑工藤新一死亡的真实性，并命令波本调查，因此有可能怀疑柯南身份。
基斯‧旦‧斯仃卡。登场于特别篇《鲁邦三世VS名侦探柯南》，是威斯巴尼亚王国的伯爵兼外交大使。在运送小兰到威斯巴尼亚王国的途中，他发现了偷偷潜入飞机的柯南，并惊讶于柯南的临场反应能力和超强的意志力，因此有可能怀疑柯南身份。（威斯巴尼亚王国为剧中虚构的国家，现实中不存在）
第2集《董事长千金诱拐事件》，新一告诉阿笠博士
第43集《江户川柯南诱拐事件》，博士告诉了新一的父母工藤优作和工藤有希子
第58集《福尔摩斯迷杀人事件后篇》，服部平次自己推理出来的
第128集《黑衣组织10亿元抢劫事件》，宫野明美（假名：广田雅美，灰原的姐姐）在其死前，柯南自己告诉她的
第129集特别篇《来自黑暗组织的女子》，灰原哀（宫野志保）自己在组织的时候推测的，后来变小后，阿笠博士也证实了
第219集《名侦探的聚会
工藤新一vs怪盗基德》1个半小时特别篇，关于基德，之前有人说是第3部剧场版《世纪末的魔术师》，是因为基德装成白鸟警官,发现柯南打电话给阿笠博士，然后又化装成新一的样子，为柯南解了围（因为小兰正怀疑她），这应该说是最早的了。但是在第219集《新一VS怪盗基德》里，介绍了基德与在变小之前的新一的一次较量（他们并没有真正碰面，新一甚至不知道小偷的名字），而且那个大背景正是在第76集《柯南VS怪盗基德》里，准备偷铃木财团暗夜星辰的基德回忆的往事。由此可见，在第76集里柯南虽是第一次见到基德，而基德已经感觉到柯南似乎就是从前那个给他添麻烦的侦探，所以要说基德知道柯南身份最早是就在第76集，但具体说明如何知道的就是在第
219集里。而《世纪末的魔术师》是最早体现出基德看穿了柯南
第345集《与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理》2个半小时特别篇，柯南推理出贝尔摩得已经知道柯南就是新一。是因为286—288《工藤新一NY事件》中说明沙朗（贝尔摩得真名）与新一之母是朋友，从而猜测其见过新一小时候的照片，接着在191《危命的复活
黑衣骑士》和192《危命的复活
新一回来了》中（贝尔摩得已经假扮成新出医生）同时见过灰原假扮的柯南和重新变大的新一，引起怀疑。到253—254《本厅的刑事恋爱物语4》中新出医生（贝尔摩得）帮助柯南圆谎，说明已经识破其身份
425《黑色冲击!黑衣组织伸出魔爪的瞬间》2个半小时特别篇，水无怜奈虽然没有真正识破柯南，但是对他的猜疑已经开始了，虽然此后一直住院。还有在这一集中她也貌似不经意间帮助了柯南
429—430《回不去的二人》，本堂瑛佑从这集开始出现，先以知道他是水无的弟弟，而且最新的一集508《KTV包房中的死角》，在最后他竟然逼得柯南几乎说出其真实身份就是工藤新一，虽然柯南没有表明，但他基本上知道答案了。
另注：在FBI中，貌似每个人都对柯南有点怀疑，并且朱蒂对柯南最感兴趣，从她第一次出场起，就非常欣赏柯南。但她是否知道柯南的身份？从226集《格斗游戏的陷阱》开始到第345集《与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理》，这期间她应该是很清楚柯南的身份了，但电视就是没说明，就让我们自己判断吧；詹姆士同样也很欣赏柯南，但也不清楚是否知道他的真实身份（如果朱蒂隐瞒的话……）；赤井秀一对柯南其实不太关心，只知道他不同寻常，目前不清楚其真实身份（貌似也不想知道）。在这一点上，日本警署就没有这么聪明了。
剧场版
《贝克街的亡灵》中的弘树死前将自己的思维寄存在电脑中，在游戏中一直都清楚柯南就是新一
《世纪末的魔术师》最后扮成新一的样子出现在兰的面前，最早体现基德看穿了柯南
还有漆黑追踪者的爱尔兰【组织的一员】