1996年1月8日，名侦探柯南动画第一集于1994年1月8日播放，新一就是在第一集变小的。
新一在解决发生在米花水族馆的事件时不小心把小兰新买的手机弄坏了。作为赔礼，在与小兰去游乐园时无意间目睹了黑衣组织暗中进行的非法交易，被偷偷接近的组织成员同伙打昏后灌下黑衣组织尚在研发中的药物APTX4869，身体意外缩小成7岁小学生。
之后新一听从阿笠博士的建议，以“江户川柯南”为化名寄住在小兰的父亲毛利小五郎的侦探事务所中暗中调查组织的活动。
身体变小后推理天份没有减退，因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加。新一本想用毛利小五郎来找出使自己缩小的黑衣组织，无奈小五郎是个迷糊的侦探。因此阿笠博士为新一发明了手表型麻醉枪、蝴蝶结变声器等道具。
新一以麻醉枪让小五郎睡着，通过变声器帮助毛利小五郎解决案子，让小五郎成为有“沉睡的小五郎”之称的名侦探。同时继续秘密调查追踪黑衣组织。
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确认恋情
在京都修学旅行期间，新一问小兰还记不记得自己在伦敦告白的事情，于是毛利兰亲吻了工藤新一的脸颊，回应了工藤新一的表白，并正式发出了交往的请求，随后两人在短信中正式确立了恋人关系。
同时，新一在京都破案的事情被传到网上，引起了媒体的大量报道，虽然事后有希子和优作拜托发帖者“辟谣”，但还是引起了疑似朗姆的黑田兵卫、若狭留美和胁田兼则三人的注意。工藤优作和有希子回到日本，优作通过与赤井秀一的交谈，推理出组织的首领是乌丸莲耶，并告知新一。随后优作和有希子决定留在日本帮助新一想对策。
1996年1月8日。
工藤新一，日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的男主角和《魔术快斗》等的客串角色。17岁，高中生侦探，就读于帝丹高中二年级B班，人称“平成年代的福尔摩斯”“日本警察的救世主”。
在和青梅竹马毛利兰一同去游乐园玩时，目睹黑衣组织成员秘密交易时而被偷袭，并被灌下名为“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成7岁小学生的模样。
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推理之路
新一初次展示推理能力是在婴儿时期，帮助母亲有希子解开了逃稿的优作留下的暗号。
13年前，4岁的新一转学到米花保育园樱花班。通过敏锐的观察力和洞察力发现了班主任江舟论介行为的可疑之处。
10年前的小学时期曾挑战过“图书馆怪人”（实际为黑羽盗一，即第一代怪盗基德）留下的谜题，但由于当时知识水平不高，未能完全解开暗号，直至10年之后才明白其含义。
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