溶组织内阿米巴的形态变化可分为滋养体期、包囊前期和包囊期。而滋养体期又分为大小二型，大型滋养体大，主要生活在肠壁组织里；小型滋养体小，生活在肠腔内，营共栖生活，能形成包囊。所以前者又称组织型大滋养体（简称大滋养体），后者又称共栖成囊型小滋养体（简称小滋养体）。 1.滋养体：
⑴大滋养体：寄生在组织中，是溶组织内阿米巴的致病型。活动的大滋养体体积变化较大，直径12～60μm，15～30μm为常见。其虫体分内质和外质，外质透明，约占全体1/3，内质较浓密，呈颗粒状。运动时外质伸出，常形成单一的伪足，作定向移动即阿米巴运动。先是外质伸出舌状或指状伪足，随即内质流入伪足，使整个虫体向着伪足伸出的方向移动，在内质中常见被其吞噬的红细胞。以铁苏木素染色后，可见一个圆形细胞核，呈泡状，大小为4～9μm，平均5.3μm，核膜内缘一层大小均匀、排列整齐的染色质粒，核的正中具有一个圆形细小的核仁，也可略偏位，核仁与核膜间有时可见到网状的核纤维。
⑵小滋养体：小滋养体生活在肠腔中，以肠道细菌和肠内容物为营养，不吞噬红细胞，在生理盐水涂片中体积较小，直径12～30μm，其大小与大滋养体不易区别，内外质分界不明，食物泡中含有细菌。经铁苏木素染色，细胞核的结构与大滋养体相同。
2.包囊前期：
它是小滋养体形成包囊的过渡阶段。此期体积变小，活动停止，新陈代谢降低，细胞质的内含物经消化或排出而消失。细胞核略有变化，核膜内缘的染色质颗粒较聚集，核仁稍变大，有时位稍偏。整个虫体呈圆形。
3.包囊：
圆球形，直径5～20μm，囊壁厚约0.5cm，透明，折光性强，不被伊红着色。在低倍镜下，只是圆形的透明体，看不清内部结构。在高倍镜下，隐约可见拟染色体（chromatoid bodies）与反光的圆形核。当用碘染色时，整个包囊呈淡棕色，比较清晰，核数1～4个，偶见8个。在单核或双核包囊中，可见染色棕色的糖原泡(glycogen vacuole)以及透明的棍棒状拟染色体（可能是多聚核蛋白体）。当形成具有感染性的成熟4核包囊时，拟染色体和糖原泡逐渐消失。铁苏木素染色后，糖原泡在染色过程中被溶解成空泡，拟染色体更清晰，呈棍棒状，两端钝圆。 1.滋养体
⑴细胞表面结构：通过扫描电镜观察，Mccaul等（1977）首先发现滋养体表面有2～3μm长的微丝伪足（microfilopoodia）。Lushbaugh等（1979）报告，活的滋养体表面呈波浪形，具有细的皱纹，间有不规则的突出小梁，还有明显的叶状伪足（lobopodia）以及较长的丝状伪足(filopodia)，其数不定。透射电镜观察，这种丝状伪足长度自数μm至30μm以上，直径达0.1μm，其表面有单位膜结构，由质膜的延伸构成。以上两人选我述微丝伪足和丝状伪足似为同物。
透射电镜观察，滋养体的质膜是典型的单位膜，两层较薄的电子致密层（每层厚35～40Å），中夹层透明且较宽（45～50Å），厚度共120Å（Ludvik,1970）。从肠组织所得的阿米巴的质膜外面，有一层厚约300Å的绒毛状外被(fazzy coal)，而培养的阿米巴则无。也许是虫体的分泌物或抗原抗体的复合物，有待证实。
⑵细胞质：通过透射电镜观察，其溶组织内阿米巴滋养体的细胞质含有许多泡状结构，包括空泡、食物泡和大量大小不等的糖原粒。食物泡大小不等（0.5～12μm），其膜的结构与质膜相同，推测是在吞噬过程中由质膜包裹而成；泡内含一种食物，这可能是各个食物泡各具有特定的消化酶的关系。还有微管及更小的空泡状溶酶体〔直径（5～20）×10-9m〕；由膜形成的内质网，量少，呈小管状或小泡状，其表面无核蛋白体附着。另外可见聚集成螺旋构型的核蛋白体。
⑶细胞核：呈不规则圆形，核膜为典型单位膜，厚12×10-9m，有许多核孔，孔径大多为5×10-9m，核质颗粒状，电子密度高于细胞质，核膜内缘有积聚成族的染色质粒，它富含核糖核酸（RNA），以3H-尿苷标记测出此为RNA的合成与积聚部位（Albach等，1977），另从3H0胸苷的消耗测出具有脱氧核糖核酸（DNA）。推测它们可能为某些类型的信息核糖核酸（mRNA）的形态基础，确切结论有待这种颗粒的提钝与生化分析。核仁居中，但不规则，由许多极小的致密的电子颗粒组成。
2.包囊：
Proctor等（1973）从粪便收集的溶组织内阿米巴包囊，用透射电镜观察，发现囊壁有两层，外层为电子密度低的绒毛状外被，厚40nm，内层为电子密度高的纤维结构层，厚80nm。整个囊壁厚120nm。囊壁内层之内为包绕细胞质的质膜，厚10nm，其内缘有间隔分布的嗜锇小体（osmophilic），大小为30～80nm。细胞质中有许多细胞器，如同滋养体所见。糖原粒甚多，遍布于整个细胞质中，有的积聚成块。拟染色体为电子致密颗粒组成。还有许多大小不等的空泡，有的泡内还有食物残查。细胞核的大小，平均1.7×1.6μm，核膜及核内结核与滋养体相同。
