法律分析：在证据不足的情况下，取保候审只能交保证金。强奸罪因证据不足，如果公安机关补充侦查后，再次送检察院，检察院审查后可以确定起诉或者不予起诉，如果起诉，法院经过审理，有以下几个结果，认为证据不足的，驳回诉讼请求，疑罪从无，无罪释放，认为证据确凿的，可以判刑。除了强行发生关系的直接证据外，还要有违背妇女意愿的证据，比如能证明你喊叫求救的证人证言等。强奸罪的认定就是违背妇女意志，应当围绕这个问题寻找证据，因为案情不一样，证据也不一样，主要证据一是与当事人发生关系的证据，比如精液。二是你反抗的证据，身上的伤痕，衣物的破损。这些证据应当合法。在强奸罪证据不足的情况下，公安机关可以补充侦查，然后再次向检察院提交，由检察院根据收集到的证据决定是起诉或者不予起诉。如果决定不起诉的话，当然也就不能再追究嫌疑人的刑事责任了。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》 第六十七条 人民法院，人民检察院和公安机关对有下列情形之一的犯罪嫌疑人、被告人，可以取保候审，可能判处管制，拘役或者独立适用附加刑的，可能判处有期徒刑以上刑罚，采取取保候审不致发生社会危险性的。患有严重疾病、生活不能自理，怀孕或者正在哺乳自己婴儿的妇女，采取取保候审不致发生社会危险性的，羁押期限届满，案件尚未办结，需要采取取保候审的。取保候审由公安机关执行。