fill up with water是动作，强调“用水装满……”，例如：
Places fill the bottle with water.请把瓶子装满水。强调“满”。
fill with water也是动作，只是强调“装”，例如上面的例子如果去掉up，意思是“请往瓶子里装水”，并不强调“满”。
另外，还有be full of 是“满装着……”的意思，强调状态。例如：The bottle is full of water.瓶子里装满了水。
追问那 fill up with , up 和with 两个都是介词吗?
追答不，up是副词，强调“满”，with是介词，“用”的意思。