果树各部分器官之间，有一定的独立性，也有一定的联系性，从而表现出建立在树体基础上的对立统一性和生长相关性的辩证关系。在此，仅从修剪的角度分析以下几种应该了解和掌握的关系。
一、地上部树冠与地下部根系之间的关系：“根深叶茂，本固枝荣。枝叶衰弱，孤根难长”。这句名言充分说明了地上部树冠枝叶与地下部根系之间相互联系和相互影响的辩证统一关系。实际上，这种根冠关系的实质是一种相对平衡的供求关系，而且在供求时具有一定的相互依赖和反馈作用。比如，枝叶需要借助根系从土壤中吸收自身光合作用和其他营养合成所必需的各种矿质元素与水分等原料，而根系也只有依靠叶片的光合作用才能得到自身生长活动所消耗的有机营养与能源。这二者任何一方受到损伤，都会破坏供求上的平衡关系，削弱另一方的生长。另一方受到影响后，还会反过来影响受损伤的前一方。
又比如，枝叶受到病虫为害后，光合作用明显下降，根系就得不到由枝叶输送下来的有机营养。因此，根系的生长延伸和吸收活动就会减慢。这样，根系在日趋衰弱的同时，自然会减少向枝叶在矿质元素和水分方面的供应，从而又反馈影响到枝叶的光合作用。所以，通过修剪从平衡的角度上维持一定的根枝比是必要的。
二、消耗性器官与生产性器官之间的关系：在果树上，有光合能力的绿色器官称为生产性器官，无光合能力的非绿色器官称为消耗性器官。实际上有净光合积累的只有叶片，果树上有90%以上的干物质是来源于叶片的光合作用，其他绿色的部分占比例很小。所以，叶片承担着树体中根、枝、花、果所有器官的有机养分供应，是最重要最关键的生产性器官。然而，叶片作为整个树体有机营养的供应源，也不可能同时满足众多的消耗性器官在营养物质上的激烈竞争，而是要求它们各自在生长消耗上具有一定的次序性、节奏性和协调性，以便在不同时期首先满足和供应生长发育中心在营养消耗上的需求。因而，叶片向消耗性器官输送营养物质的流向，总是和树体生长发育中心的转移相一致的。一般说，幼嫩、生长旺盛、代谢强烈的器官组织是树体生长发育和有机养分重点供应的中心。果树在不同时期的生长发育中心，大体与生长期树体物候期的转换相一致。
三、营养器官与生殖器官之间的关系：果树的根、枝、叶、叶芽为营养器官，花芽、花、果、种子为生殖器官，二者仍然是对立统一的辩证关系。利用修剪技术调节好二者的关系，是实现果树高产、稳产、优产的关键。