所有企业的会计核算流程基本都是这样的： 收集整理原始凭证——稽核原始凭证的合法性——编制记帐凭证——成本核算——登记帐簿（总帐、明细帐）——编制会计报表。
超市的会计账务处理流程如下： 1、根据出纳转过来的各种原始凭证进行稽核，稽核无误后，编制记账凭证。 2、根据记账凭证登记各种明细分类账。 3、月末作计提、摊销、结转记账凭证，对所有记账凭证进行汇总，编制记账凭证汇总表，根据记账凭证汇总表登记总帐。 4、结账、对帐。做到帐证相符、帐帐相符、帐实相符。 5、编制会计报表，做到数字准确、内容完整，并进行分析说明。 6、将记账凭证装订成册，妥善保管。
我自己是做商场会计的，我们是个集团公司，也有下属的超市，我估计超市和商场的做帐方法应该差不多，还有你们既然下属有那么多超市，那肯定有专门的业务管理系统，包括进退货、销售和成本的计算，这些资料可以直接从业务系统中获得。
我们的超市有两种商品经营模式即经销和代销，经销是按照那个正常的进退货来做，但是代销是按其当月的销售×扣点得出应计的应付账款，就是说供应商送到超市销售的东西如果没卖掉的话，我们是不付货款的。而我们只是拿销售的提成而已。做好进退货凭证后就是做成本结转凭证，即按照当月的销售计算应结转的成本。计入主营业务成本。
另外就是记录当月的销售，那就是收到货款，计入主营业务收入。
这样就只剩下费用了，正常的费用包括：计提折旧、人员工资、水电费、房租、长期摊销费用、财务费用，另外就是计提各项税金。
工业是指采集原料，并把它们加工生产成产品的工作和过程。商业指以货币为媒介以买卖方式而实现商品的流通的经济活动。会计是以货币为主要计量单位，运用专门的方法，对企事业、机关单位或其他经济组织的经济活动进行连续、系统、全面地反映和监督的一项经济管理活动。工业会计是以工业为会计主体的一种行业会计。商业会计就是以商业为主体的一种行业会计。工业会计和商业会计两者在账务处理上主要区别是：
库存商品来源不同，工业库存商品是通过采购材料经过生产加工成产成品再销售，商业库存商品是采购而来直接销售。
工业产品成本要有原副材料、包装、制造费用等核算而成，商业库存商品成本就是采购成本。
成本核算工业注重的是生产过程，也就是生产成本的控制和核算。商业主要是流通环节，主要针对入库、出库、期末进销差价的核算。
工业的成本核算方法主要包括个别计价法、品种法、分批法、分步法等。商业成本核算方法一般采用进价法或零售价法。
企业的规模小，业务量不多，可以不设定明细分类账，直接将逐笔业务登记总账。实际会计实务要求会计人员每发生一笔业务就要登记入明细分类账 中。而总账中的数额是直接将科目汇总表的数额抄过去。企业可以根据业务量每隔五天，十天，十五天，或是一个月编制一次科目汇总表。如果业务相当大。也可以 一天一编的。
大致环节：
1、根据原始凭证或原始凭证汇总表填制记账凭证。
2、根据收付记账凭证登记现金日记账和银行存款日记 账。
3、根据记账凭证登记明细分类账。
4、根据记账凭证汇总、编制科目汇总表
5、根据科目汇总表登记总账。
6、期末，根据总账和明细分类账编制资产负债表和利润表。
协议扣点，比如甲给乙供货，甲在给乙结算货款时按双方协议比例从货款中扣除。我在商场与供货商结算时遇到过这种情况。
乙方做账时，
借：营业费用-帐扣费用
贷：应收账款-甲