因为四川面积太大，形势又很复杂，虽然四川名义上只是一个省，但实际上相当于几个省。
而且别看四川总督只管四川一省，他的任务并不轻松，因为西藏的一部分事务也归其兼管。
清朝入关初期，四川没有设总督。当时由于川渝两地大部分区域都掌控在张献忠和南明政府手里，清军只控制川北地区。所以当时四川只设有巡抚，抚台衙门驻地设在阆中。
后来，清军击败李自成，决定对张献忠和南明下手。于是清廷便将四川、甘肃（含今天的宁夏和青海西宁地区）、陕西合并，统一交由陕西三边总督管辖，衙门驻地在西安。
至于为什么三边总督衙门要设在陕西，道理很简单：因为川陕甘三省中，四川和甘肃都是前线，清廷当时控制最牢靠的地盘就是陕西。清军在四川、甘肃的兵马钱粮皆要由陕西准备和调发，陕西是三省的中心。
经过十几年的拉锯战后，明军因为各种原因逐渐退出四川，清军占领四川。
顺治十四年（1657年），为了彻底消灭云南李定国，清廷将战线前移。并把前线总指挥部从西安前移至了成都。
由于战略地位提升了，巡抚的权限又太小了，所以清廷便将四川从川陕总督辖区内划出，专置四川总督于成都。
顺治十八年（1661年），由于南明势力基本被肃清，四川的战略地位下将。所以清廷又撤销了四川总督，只设四川巡抚，仍归由陕西总督管辖。
康熙七年，四川巡抚张德地忧心忡忡地向康熙皇帝上了一道奏折，大意就是说：四川因为长年战争，目前满目疮痍，实难恢复。我建议陛下您下一道圣旨，招徕周边省份的百姓，移民到四川，恢复四川的生产。
康熙收到奏折后，大为感慨，于是他在那一年将四川划入湖广总督辖内，为后来的“
湖广填四川”预热。（湖广总督也因此短暂改名为川湖总督）
不过，由于后来爆发了三藩之乱，四川又变成了战场。因而由朝廷主持的大规模的移民便被推迟了二十多年，一直到康熙三十三年才正式开始。
而在此期间，出于战争的需要（四川被吴三桂军占领了），清廷又将四川从川湖总督辖区内划出，重新划归回了川陕总督。此后，四川便长时间归川陕总督管辖。
康熙五十七年（1718年），准噶尔汗国入侵西藏。清军由于需要从四川、陕西两路出兵打击准噶尔，四川的战略地位再次凸显。于是康熙皇帝便再次将四川划出，并指派年羹尧为四川总督。
康熙六十年（1721年），西藏收复，川陕再次合并，改名为川陕总督，由年羹尧担任川陕总督。
雍正九年（1731），雍正皇帝决定对准噶尔汗国大举用兵。于是在这一年，四川又与陕甘分家，独立设总督。
不过清军后来在和通泊惨败，消灭准噶尔的计划取消，清准议和，四川战略地位再次下将。
于是在乾隆元年（1736年），川陕再一次合并，复名为川陕总督。
乾隆十三年（1748年），大金川土司莎罗奔夺取小金川泽旺印信，又攻明正土司（今天的康定市）。乾隆为了平息叛乱，便再一次将四川单独划出，独立设总督。
此后，西南地区战争频繁，清廷就干脆省去了四川巡抚，只设总督。四川总督也就至此成了固定职务，一直到清朝灭亡。
这里顺带一说，为了削弱四川总督权力，雍正五年，雍正帝将遵义从四川划出，划给了贵州巡抚管辖。并一直延续至今。
同时为了震慑康藏地区，乾隆皇帝后来还特设成都将军，驻扎在康定。后来乾隆皇帝觉得康定地区生活太艰苦了，就把成都将军迁回了成都，把四川提督府搬到了康定。而由于四川提督管辖了康藏地区，西藏的军务问题也归了四川总督和成都将军兼管。
比如乾隆五十三年（1788年），为了反击廓尔喀入侵，乾隆皇帝便调派了四川总督李世杰和成都将军鄂辉率川兵入藏。（驻藏大臣管辖的兵马只有500人）
后来廓尔喀二度入侵，乾隆皇帝除了调派福康安率军入藏外，也调派了川兵入藏，由当时的成都将军成德领军。
总的来说，四川并不是一直都有总督。清朝中前期，四川是否设立总督，取决于西南地区有没有大的战事。打仗即设总督，不打仗就设巡抚。（巡抚不管军务，职权不够）
后来由于西南战事频繁，清廷便不再设四川巡抚一职，而是专设四川总督，由总督兼管巡抚的工作。虽然四川总督只管一个省，但由于四川汉藏杂处，情况复杂，经常要打大仗，川兵时常还要帮驻藏大臣撑场子，因此四川总督的任务并不轻。
通常来说，只要西南开战，成都将军往往会冲在第一线，四川总督负责后勤保障，四川提督随时以备策应。这种工作量，远远比其他不打仗，管两省、三省的总督要重。
另外清朝中后期，四川经济恢复，人口体量非常大。把四川和云贵或陕甘合并，有非常大的隐患。这一点从雍正帝把遵义从四川划出，削弱四川体量就可以看得出。
我们先后讲了陕西、江南、湖广三个省分家的问题。这三个省份的辖区辽阔，清朝皇帝前后将这3个省份进行拆分。一个问题出现了，四川省的管辖区并不比上述的三个省份小，清朝皇帝为何没有把四川省分家呢？其实，清朝皇帝不是不想，而是四川省特殊的地形因素，搞得清朝皇帝根本无法拆分。其实在四川的高官中，四川总督和四川巡抚矛盾很大。
建立了沿用至今的行省制度。在元朝统治的初期，元朝将四川和陕西划分成了陕西四川行省，但后来发生这样并不利于管理，随后将两个地区分开。也就是说从这个时候开始，四川就是一个独立的省份。明朝建立之后，沿用了元朝的行省制度，四川的管辖区没有太大的变化。沿用了明朝的官员制度和行政区划制度。首先，每个省都设立了巡抚布政使按察使学政等高级官员。巡抚属于正二品或者从二品的文官，负责一个省的全面工作，掌握了军政民财各方面大权。由于经常挂礼部侍郎或者都察院右都副御史的头衔，因此被称为中丞大人。
在明清时期，武官的地位并不高。除了上述高级官员以外，还有一位重量级官员，那就是总督。一直担心自己会被赶回东北老家。为了防止这种情况发生，清朝高层决定对一些省份进行分家每个省还会有一位提督，提督是从一品的武官虽然品级是全省最高的，但权力排名最多排第五名，甚至有可能都进不了前五。陕西省分成了陕西和甘肃。至于湖广省则以洞庭湖为界限划分成了湖北省和湖南省。至于四川省，清朝高层也感觉这个省的辖区太大，但是四川省的地形很特殊。四川的地形是一个大盆地，根本就无法进行拆分，所以说，四川省没有被分家。
四川总督并不是总督中地位特别高的，在清朝总督地位排名中，四川总督排名应该是倒数的，他们的排序依次是东三省总督、直隶总督、两江总督、两广总督、闽浙总督、湖广总督、陕甘总督、四川总督、云贵总督。
在不同时期，根据官员地位的高低不同，排名地位可能会有所调整，但是大致就这个模样了，以左宗棠担任陕甘总督时，陕甘总督地位就不是靠后的了。
当然，上面的这九大总督在清朝也不是从一而终的，也是经过逐渐变化才形成的，比如东三省总督是1907年才设立的，以前的话，东北不同于内地行省制度，是依靠将军来镇守的，比如盛京将军、黑龙江将军、吉林将军。
四川的行政制度在清朝时期有诸多变化，一直到乾隆后期才逐渐成型。
顺治元年，设置四川巡抚，没有设置总督，而到了顺治十年因为四川与陕西联系比较密切，四川的钱粮兵马都是陕西调拨，因此就让陕西总督兼督四川，也就是最开始的川陕总督。
顺治十四年的时候，第一次设立了四川总督，然而康熙七年的时候，又将四川划拨到湖南湖北去了（湖广），也就是川湖总督，到康熙十九年的时候，湖南湖北成立湖广总督，四川又被甩给陕甘总督，一直到雍正九年，第二次设立四川总督。
到后来，四川总督也兼辖过陕西，总体上来说，四川最后能够掌管一省，而成为总督，实在是不容易。
我们知道总督一般管辖两省至三省，为何四川会仅仅管理一个省份呢？
其实，这主要是由四川的经济、地理、文化等特殊原因决定的，四川盆地在古代又称天府之国，只要发展好了，很容易就富裕起来了，清朝高层对四川一直不放心，前期清朝西北和西南战事比较多，更害怕四川闹事，所以都是和别的地区连在一块管理，比如让陕西总督管四川或者是湖广总督管四川。
但是管来管去很费劲，乾隆时期战事都缓和了，准噶尔汗国也灭了，因此才让四川独立管理，果然，武昌起义之前的保路运动就发生在四川，因为保路运动，最终导致武昌起义的爆发，可以说，四川的管理很苦难。
当时四川经过人口填充，经济和人口都得到了快速的发展，到清朝中后期，尽管四川还是一省，无论人口规模还是地域面积已经完全不少于其他的两三省的总督辖区了，为此，设立四川总督也是情理之中。
值得一说的是，四川总督和巡抚同城才是有意思的事情。
清朝时期的地方制度很复杂，既有军事上的将军（八旗）和提督（绿营），又有行政上的总督和巡抚。
巡抚是一省长官，也有一定的行政、军事、监察权，对于大部分正常人来说，巡抚的职能跟总督没什么差别啊！
在以前的文章中，我大概分析了，因为总督都是两省以上的职务，设总督的就不设巡抚，比如两广总督驻广东的话，就不设立广东巡抚。
而设立巡抚后，总督基本也就没有权力去直接指挥该省了，因为总督和巡抚两者是互不隶属的，都直接对中央负责。
在我看来，这些都是清朝为了加强中央集权对地方实行的分权管理措施，通过将军、提督、总督、巡抚分割地方的权力，所以清朝很少出现地方造反对抗中央的事情发生。
但是总督和巡抚同城怎么处理？比如像四川这样的，饭碗就这么大！
清朝为了解决这个问题，在乾隆是三千恢复四川总督的时候就裁撤了四川巡抚，巡抚的职能由四川总督兼任。
这就是为什么四川总督虽然排名靠后，但是地位很高，因为他的权力比一般的总督都要大！
所以，四川总督的只能是这样的，总督四川等处地方、提督军务、兼理粮饷、兼巡抚事。