但是，阴阳学说到了西汉时期，分为两大派别，一是渗透于并支配自然科学发展的唯物主义的阴阳学说；一是为当时封建统治阶级及其御用学者所歪曲的唯心主义的阴阳学说，这方面的代表是西汉时期的董仲舒。董仲舒为维护封建主义制度，将阴阳学说应用于认识和解释社会现象，从而使阴阳学说走上了邪路。他认为阳气能生养万物是天的意志，即“阳主德”，阳是天的恩德的体现；“阴为刑”，即阴是天的刑罚的体现，“刑主杀而德主生”。（均见《春秋繁露·举贤良对策》）这样，董仲舒就把本来是反映自然界客观变化规律的阴阳学说，解释为实施天的意志——对人类和自然界进行赏罚的工具了。董仲舒还把阴阳应用于人事，他说：“阴者阳之和，妻者夫之合，子者父之合，臣者君之合。”（《春秋繁露·基义》），在这里他把“阳”置于主导地位，“阴”置于从属和服从的地位。所以妻理所当然地服从于夫，子理所当然地服从于父，臣理所当然地服从于君。这是地地道道的维护男尊女卑,君尊臣卑的封建主义说教。
而被引进自然科学中的（如中医学）阴阳学说，却一直保持着比较健康的发展方向，因此，我们不能一提到阴阳学说，就认为是唯心的迷信的东西，而应和被董仲舒为代表的唯心主义者歪曲了的阴阳学说相区别。唯物主义的阴阳学说，早已被现代辩证唯物主义哲学所证实，其基本原理和方法是正确的。
阴阳学说做为一种科学的理论，并不神秘，它最初就是指的日光的向背，有日光的一面属阳。无日光的一面属阴。由于有日光则温暖明亮，无日光则寒冷黑暗，所以又引申出来温暖明亮属阳，寒冷黑暗属阴。由此而来，则一天中白天为阳，黑夜为阴；四季中则春夏为阳，秋冬为阴；火为阳，水为阴，等等。所以，从日常生活中处处可以体现到“阴阳”的存在，是极易理解的概念。清代大文学家曹雪芹就曾用生活中十分具体、浅显的事例，形象地阐述了“阴阳”这一对哲学概念。他写道：“什么是个阴阳，没影没形的”，“这阴阳不过是个气罢了，器物赋了才成形质。譬如天是阳，地是阴；水是阴，火就是阳；日是阳，月就是阴。”他又说：“一个树叶还分阴阳呢！向上朝阳就是阳，背阴复下就是阴了
这到底是一个什么样的规律呢？西方科学我们知道，它站在原子说假设之上的，得出了物质基本结构的规律。而东方科学我们却不知道，它站在气一元论假设之上，得出了物质系统的发展规律。难道不是吗？气之聚就是物质系统的产生，气之散就是物质系统的灭亡，统一物质由阳向阴转化，就是物质系统的产生，由阴向阳转化，就是物质系统的灭亡，阴阳学说描述的就是物质系统产生、发展、壮大、衰退、灭亡的规律性。
“阴在内，阳之守也，阳在外，阴之使也。”阴就是实体，按照现代科学，它周围都有一个能量场，这个能量场当然就是阳，它是依附实体而存在的。阴还是有秩序的物质系统，整个周围的混沌空间就是阳，阴的稳定存在是依赖于周围混沌空间的变化，否则它早就按照热力学第二定律走向混沌了。
很多人把阴阳学说与西方的对立统一规律相提并论，其实它们有着本质的不同。首先，西方的对立统一规律就是一个空洞的哲学概念，谁想怎么理解就怎么理解，而东方的阴阳学说有着坚实的物质基础，它描述的是物质有序和无序变换的规律，这是真正的科学。其次，西方人理解的对立统一规律的双方一般是平等的，这样一来，在理解对立的双方实现统一的时候就无从理解了，而在阴阳学说中，阴阳是不平等的，比较一下就知道了，阴就是物质系统，阳就是周围混沌空间，阴的力量显然是无法与阳相对抗的，阴要想存在与发展，就必须在与外在世界变化的对立中不断寻求与它在变化上的统一，即阳主阴从，用系统科学的话来说就是，整体的环境决定局部的物质系统，简单地说就是整体决定局部。
这一下你真正理解阴阳学说了吧！它不是空洞的哲学概念，而是实实在在的科学理念，只是西方人站在原子说的假设之上无从理解罢了。你要想真正地理解它，就只有一种方法，那就是站在气一元论之上，这样一来，阴阳学说的真义就展现在我们面前。
《阴阳》
一、阴阳的内涵
阴阳，指统一、互对及排异的两道体（指一切存在的统称，亦可特指某一具体的存在）。当然，其亦可为阴阳之理的简称，但此定义运用较少。
统一，指阴阳归属于同一道体（即合体）。
互对，指阴阳因具备相反的性质而互相对应。特定的阴，有且仅有唯一的阳与之对应；特定的阳，有且仅有唯一的阴与之对应。
排异，指阴阳依据特定的性质拆分于同一道体，在该性质上，除此阴与阳外，此道体不具备其它的道体——简而言之，合体非阴即阳，非阳即阴。
二、阴阳（一）
能量与道律（指能量所遵循的维持自身稳定的本性，相当于“精神”），是最为基础且广泛的阴阳；两者的合体，是为道能。
对道能而言，能量为阳，道律为阴。同根，指阴阳同属于能量或道律或道能；异根，指阴阳分属于能量与道律。
阴阳同根，则可互化（指阴阳相互转化）；阴阳异根，则不能互化。阴阳同属于道能，则可进分（指阴或阳可被完整地拆分为一对阴阳）；反之，则不可进分。
同衍，指阴阳同步衍化（同生、同长、同衰、同亡）；反衍，指阴阳反向衍化（彼长此衰）。
通常而言：阴阳异根，则同衍；阴阳同根，则反衍。在整个衍程中：始终同衍的阴阳，是为同衍阴阳；始终反衍的阴阳，是为反衍阴阳；并非始终同衍或反衍的阴阳，是为杂衍阴阳。
须知杂衍阴阳，在衍程中的特定阶段，可为同衍阴阳或反衍阴阳。故其性质，较为复杂。而为便于阐述，下文中的“阴阳”，通常并不包含杂衍阴阳。
三、阴阳（二）
同性，指阴阳的本质，为同一道体的同一性质；异性，指阴阳的本质，为同一道体的不同性质。
阴阳同性，则从本质上说，彼此只有量的不同，而无质的差异，譬如多少、大小；阴阳异性，则相互间存在质的差异，譬如能量与道律、男女。
阴阳同衍，必异性而不可互化；阴阳反衍，必同性而可互化。且阴阳同性，必反衍而可互化；阴阳异性，必同衍而不可互化。
宇宙和阴沌的同衍，须加以阐述：宇宙的性质为“有”，阴沌的性质为“无”；道能从宇宙中归终于阴沌，则宇宙的“有”将减小，而阴沌的“无”，亦将降低。故知两者同步衍化。
四、阴阳的特征
同源，指阴阳衍生于同一道体。
共衍，指阴阳随对方的衍化而衍化，包含同衍与反衍。
互存，指阴阳互相依赖对方的存在而存在；无阴亦无所谓阳，无阳亦无所谓阴。虽说反衍阴阳，可能彼盛此亡，但所亡者，依旧存在（主观存在）。
对立，指阴阳互不相容，互相矛盾。对立的根源，便在于阴阳同性；若阴阳异性，则不会对立。
相克，指反衍阴阳因对立，而相互制约、相互斗争。
相消，指反衍阴阳由于相克，而所具备的效应互相抵消。
但凡阴阳，都具备如下特征：统一，互对，排异，同源，互存。
同衍阴阳，则具备如下特征：同衍，异性。
反衍阴阳，则具备如下特征：反衍，同性，对立，互化，相克，相消。
五、阴阳划分
对于阴阳：能量强度大者为阳，小者为阴；道律强度高者为阳，低者为阴。
由于能量为阳，道律为阴，且道律的强度，取决于能量的强度——所以，凡是蕴含能量的阴阳，能量强度大者，必为阳，小者必为阴。
若是仅蕴含道律的阴阳，则道律强度高者为阳，低者为阴。
显然，阳与阴的划分，首先依据于能量强度的大小，其次方为道律强度的高低。
对于可互化的阴阳：一旦阴的能量大于阳，或道律高于阳，则其转化为阳，同时阳转化为阴。若阴阳所蕴含的能量或（和）道律完全相等，则两者互为阴阳。
中医用科学思维解释阴阳学说