这个说法应该是源自《西游记》中，但很明显是被误传了，因为在《西游记》中玉皇大帝是“请”如来，而且也不存在“不能指示三清”这种事情。关于玉皇大帝、如来、三清，他们三个之间的关系，在《西游记》中并没有明说，但虽然没有明说，我们却可以通过一些蛛丝马迹来判断出他们之间的关系。
首先肯定是大闹天宫了，毕竟所谓的“命令如来”就是发生在大闹天宫期间。
在孙悟空大闹天宫的时候，孙悟空一路从花果山打到了天庭，被装进炼丹炉中七七四十九天之后又从炉子里面跳出来，把满天星宿打得关门闭户，最后差一点点就打进了凌霄宝殿，好在被众人围困住不得入内，否则玉皇大帝的脸面怕是彻底丢失。
此时玉皇大帝颇为无奈，因为天庭能够制服孙悟空的存在，也就勉强算一个二郎神，可是二郎神和孙悟空打过，一时半会根本分不出胜负，此时此刻此地天庭却是必须尽快收服这泼猴，不然打得越久，天庭的脸面就越脏，于是玉皇大帝说出了那句“快去请西天如来”。
这个“请”让很多人认为是玉皇大帝在命令如来。
随后，如来在接到消息之后，就连忙起身，说“我得赶紧前去救驾。”
“救驾”这个关键的词语又加重了“命令”的味道，因此很多人确认了玉帝命令如来的事情。
但很多人忽略了一个细节，那就是如来到了天庭收服猴子后并没有进入凌霄宝殿。这很重要。
要知道玉皇大帝就在凌霄宝殿里面坐着呢，如来到门口了，竟然不进去给玉帝“请个安”？如来把猴子收服后，转身就要走，毫不犹豫的那种。此时此刻玉帝才起身从凌霄宝殿出来，然后挽留如来吃个饭。
这一个细节很明显说明了，如来在三界整体上的地位是低于玉帝的，但也只是那么一丢丢，他们两个之间的关系完全称不上“命令”这个词汇的，否则如来怎敢不去向玉帝请安？！
至于三清，露面过，在蟠桃大会和安天大会的时候露面了，其中太上老君这个三清中的代表人物更是多次主动帮助玉皇大帝，虽然玉帝对他挺尊重的，但也说不上“不能指示”。
综合而言，玉帝、三清、如来，他们之间的关系总体上应该是玉帝最大，但三清和如来也可以不买他的账，只是在不撕破脸皮的情况下，谁又会去这么做呢？