电视剧《大军师司马懿之军师联盟》（以下简称《军师联盟》）主要围绕后三国英雄司马懿波澜壮阔的一生，使观众以一种更生活化、更细腻的角度来认识司马懿这个历史人物，加上吴秀波的个人魅力也将司马懿这个人物演绎得很吸引人，但也就是因为太吸引了，许多观众发现一些与历史有所出入的情节经不起推敲。
首先，剧中的时间有些混乱。《军师联盟》中曹操进爵魏公、魏王的时间弄错了。
根据《三国志》的相关记载，“公元213年（建安十八年），天子使御史大夫郗虑持节策命公 （曹操）为魏公”。之后到了公元216年（建安二十一年），根据《三国志·武帝纪》的记载“天子进公（曹操）爵为魏王。”因此，这一条主线的时间顺序是，曹操进爵魏公 （213年）-曹操称魏王（216年）。但在剧中，曹操在建安十三年（公元208年）就以战败于孙刘联军为借口,要求汉天子封其为魏王，而在此之前曹操一直被称为“丞相”，这显然与历史相矛盾。查阅资料发现，丞相制度是在公元208年才重新确立的，而且曹操封王可是在公元216年，这可是编剧的失误啊。
另外，这部剧还将历史上有关贾诩的内容转移到了司马懿身上。
《军师联盟》的主角是司马懿，但是历史上司马懿正式出场的时间并未像剧中那样早，虽然司马懿和陈群等确实在历史上组成了“太子四友”，协助过曹丕击败曹植，夺取太子之位，但司马懿的作用并非是剧中所言举足轻重。最典型的是，剧中，司马懿告诫曹丕“不违子道”，这实际上是曹魏谋士贾诩所教，而非司马懿。
《三国志·贾诩传》记载：“是时，文帝为五官将，而临淄侯植才名方盛，各有党与，有夺宗之议。文帝使人问诩自固之术，诩曰：‘原将军恢崇德度，躬素士之业，朝夕孜孜，不违子道。如此而已。’”可见，“不违子道”实际上是贾诩所提出的。
最后再来说说剧中一开始就提到的许劭兄弟。
本剧开场旁白有云：东汉末年……南阳许劭兄弟名显于世，德高望重，常于每月初一，对当时人物或诗文字画发表品评……时人称为“月旦评”。
月旦评盛极一时，无论是谁，一经品题，身价百倍世俗流传，
以为美谈。但查阅资料发现，月旦评确有其事，但主要人物的籍贯却搞错了，许劭兄弟并不是南阳人。范晔《后汉书·许劭传》明明白白地写着：“许劭，字子将，汝南平舆人也。”因此许劭兄弟应该是汝南人，而不是剧中所说的南阳人。曹丕的夫人甄氏不可能叫甄宓，事实上甄氏的具体姓名无从得知，历史上并没有明确记载。为什么不可能叫甄宓呢？因为黄初三年，曹植朝见天子之后返回自己的故地，写了一篇洛神赋，原名感鄄赋。里边明确写道写道洛水之神名曰宓妃，而且赋中洛神和曹植相互表达了爱意。所以如果甄夫人真叫甄宓那曹植有几个脑袋也不够砍的。诸如此类的太多了，可以理解，因为主角是司马懿，我想大概不能把他刻画得太过于阴险恶毒，所以只能把人物尽量塑造得干净、善良一点，但这并不尊重历史。司马懿就是个野心家，他的成就固然是一步步走出来的，但是他干得很多事情表明这人一开始就不算是心慈手软之辈，否则也不至于有后来的司马家篡魏的行为。
军师联盟，给我们透露的讯息都是它和街上的妖艳贱货们不一样。
打着历史剧的招牌，没有所谓的流量明星，加上服装和布景的“古朴”，一切的一切，似乎都在告诉我们这是一部良心剧。可直到观众打开了瓶子，才发现里面的东西没有变，依旧是充斥着浓浓的杰克苏气味扑鼻而来的古偶酒，
1.司马师出生时间与华佗之死。
司马师生于208年，华佗也死于赤壁之战后，而该剧都前提到了200年官渡之战时期。
2.钟会的年龄。钟会生于225年，即曹丕去世的前1年，比邓艾小28岁，二人是忘年交。但剧中钟会在曹操称魏王就已经出现。
3.司马师称夏侯玄为“大哥”。历史上司马师比夏侯玄要年长一岁。
4.曹丕，曹彰，曹植出现过早：很多三国剧都不能避免的问题。衣带诏时期是200年，曹丕13岁，曹彰11岁，曹植只有8岁。
5.曹芳的年龄问题。高平陵政变时，曹芳已经17岁了，即将成年，不是剧中的小孩模样。
6.司马师的成婚时间：剧中二人在曹魏建国后不久即成婚，但220年司马师只有12岁，夏侯徽才8岁 。