在地质构造上为古陆台。盆地内地貌,平原可分为两区。北起阿尔泰山南麓,南抵沙漠北缘的北部平原,风蚀作用明显,有大片风蚀洼地。南部平原南起天山北麓,北至沙漠北缘、可分两带,北带为沙漠,南带为天山北麓山前平原,是主要农业区。古尔班通古特沙漠是中国第二大沙漠,固定和半固定沙丘占优势,流动沙丘仅占3%。沙漠区年降水量约100毫米,冬季有稳定积雪,在固定沙丘上植被覆盖度约40%~50%,在半固定沙丘上约20%。丘间洼地生长牧草,夏季缺水,曾作冬季牧场,现已定点打井,夏季亦可放牧。
准噶尔盆地是一块古老的陆台,陆台核心是距今6亿年前、非常古老的前寒武纪结晶岩层。盆地长期保持沉降状态,沉积了浅海相灰岩和陆相的河湖相砂岩、泥岩、砾岩等。准噶尔盆地地层中的煤、石油及硅化木、恐龙、鱼贝类等古生物化石, 记录和保留了盆地波澜壮阔的地质发展史,堪称不可多得的"史前地质博物馆"。