截止到2021年1月云南省三甲医院有昆明医科大学第二附医院，昆明医科大学第一附属医院，玉属溪市人民医院，玉溪市中医医院。云南省第一人民医院，云南中医学院第一附属医院，昆明市中医院，玉溪市中医医院，成都军区昆明总医院，中国人民解放军第309医院。
1、昆明医科大学第二附医院
重症医学、泌尿外科、护理、烧伤、神经内科、儿科、消化、骨科、肾病、普通外科、产科、老年病科等。2020年11月，昆明医科大学第二附属医院护理部获得云南省妇联、云南省人力资源和社会保障厅决定授予“抗击新冠肺炎疫情云南省三八红旗集体”
2、云南省第一人民医
现设医疗业务科室61个。呼吸内科、血液内科、内分泌代谢科、心血管内科、神经内科、肝胆外科、胸心外科、普外科、骨科、眼科、耳鼻喉科、生殖遗传科等。
2017年11月1日，云南省第一人民医院获得“2017年度全国优质服务示范医院”称号。2020年9月5日，获得“2020全国智慧医院建设优秀案例”授牌。
2020年11月，云南省第一人民医院生殖医学科获得云南省妇联、云南省人力资源和社会保障厅授予“2020年度云南省三八红旗集体”。2020年12月，获评2020年度群众满意的医疗机构科室。
3、昆明医科大学第一附属医院
昆明医科大学第一附属医院是一所集医疗、教学、科研、干部保健于一体的大型综合医院，是昆明医科大学的临床学院。
2018年12月，被国家卫生健康委员会公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。医院建于1941年，原为“国立云南大学医学院附属医院”（即云大医院）。1963年更名为昆明医学院第一附属医院。2012年更名为昆明医科大学第一附属医院。2017年12月，昆明医科大学第一附属医院成功备案国家干细胞临床研究机构。
4、昆明市中医院
昆明市中医医院（云南省中医学院第三附属医院）本部位于云南省昆明市盘龙区东风东路25号、关上医院位于昆明市官渡区关兴路223号，创建于1956年，是一所集医疗、教学、科研、防保、康复、社区医疗等综合服务能力为一体的中医医院、云南中医学院第三附属医院，曾荣获“全国卫生系统先进集体”、“云南省中医药工作先进集体”称号。
5、中国人民解放军第309医院
中国人民解放军309医院成立于1958年，2004年5月并入中国人民解放军总医院，对内称中国人民解放军解放军总医院第三_九临床部，对外称中国人民解放军解放军总医院第二附属医院。2009年8月更名为解放军总参谋部总医院。2018年正式更名为中国人民解放军总医院第八医学中心。
参考资料来源：百度百科-云南省中医医院
参考资料来源：百度百科-中国人民解放军309医院
参考资料来源：百度百科-昆明市中医医院
参考资料来源：百度百科-昆明医科大学第一附属医院
参考资料来源：百度百科-云南省第一人民医院