社会保险经办机构不能仲裁赔偿。对于社保赔偿的仲裁,一般只能由劳动争议仲裁委员会来处理;如果用人单位与劳动者因社保赔偿而产生争议的,可以向单位所在地或者劳动合同履行地的仲裁委员会来申请仲裁。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议,适用本法:
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
第二十八条
申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请,并按照被申请人人数提交副本。
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