食品污染可以分为生物性、化学性和物理性三类。
生物性污染主要由有害的病毒、细菌、真菌和寄生虫引起。肉眼不可见的细菌如变形杆菌、黄色杆菌等能直接或间接污染食品，导致食物腐败。例如，鸡蛋变臭和蔬菜腐烂主要是细菌和真菌的作用。真菌种类繁多，如霉菌，其中部分菌株产生毒素，如黄曲霉毒素，可引发肝癌并可能与乳腺癌相关。我国南方特别是华东、中南地区，花生、玉米和大米等食物易受黄曲霉毒素污染。
寄生虫如蛔虫、绦虫等通过病人体液或粪便污染水源和食物，引发寄生虫病。
化学性污染源自有害有毒化学物质，如农药、重金属、工业废水废气等。农药是主要来源，如有机氯、有机磷等，长期摄入可导致慢性危害。工业有害物质如多环芳烃和N-亚硝基化合物等，也可能污染食品。
物理性污染涉及非化学性杂物，如收割时的草籽、运输过程中的灰尘，或食品掺假、放射性污染等，这些都会影响食品质量和感官性状。
在食品的生产和加工过程中，各种添加剂如防腐剂、漂白剂等的过度使用也可能带来化学性污染，对消费者健康构成威胁。
食品污染是指食品及其原料在生产和加工过程中，因农药、废水、污水各种食品添加剂及病虫害和家畜疫病所引起的污染，以及霉菌毒素引起的食品霉变，运输、包装材料中有毒物质和多氯联苯、苯并芘所造成的污染的总称。