卫生部国家中医药管理局出台的关于加强卫生信息化建设的指导意见，强调了几个关键任务：
首先，着重构建卫生信息标准与安全体系。组织力量研发基础卫生信息标准，统一并规范卫生领域的术语和代码，确保信息交换的准确性和技术标准的完善。同时，强化信息安全保护，实施国家信息安全等级保护，进行风险评估，确保居民隐私信息的安全，通过密码技术和数字证书等手段，实现信息共享与隐私保护并重。
其次，设立国家、省、区域三级卫生信息平台。国家级平台负责整合各类卫生信息系统，省级平台实现跨区域信息共享和业务协同，区域平台则服务于公共卫生、医疗保障等应用，支持远程医疗服务和健康管理。县级平台可根据地域特点进行定制化建设。
在业务应用系统方面，要完善公共卫生、医疗服务、医疗保障、药品供应和综合管理等五个系统的建设。通过信息化手段提升服务质量和效率，如疾病防控、电子病历、新农合管理、药品采购和监管等。
电子健康档案和电子病历数据库是核心。通过区域卫生信息平台，基层医疗可实现信息共享，提升公共卫生和基层服务水平，增强居民健康管理能力。
网络建设方面，需建立全行业的卫生信息网络，确保信息在各级平台间高效、安全传输，居民健康卡的发放与应用则进一步整合了卫生信息和医疗服务。
最后，中医药信息系统建设也得到了重视，包括电子政务管理、公共信息服务、中医医疗服务系统等，以提升中医药科技信息服务和资源数据库建设。
为建设适应卫生改革与发展需求的信息化体系，提高卫生服务与管理水平，2012年6月6日，卫生部、国家中医药管理局以卫办发〔2012〕38号印发《关于加强卫生信息化建设的指导意见》。该《意见》分卫生信息化建设的重要性，总体框架、基本原则和工作目标，重点任务、保障措施4部分。重点任务是：建立卫生信息标准体系和安全体系，建立国家、省、区域（地市或县级）三级卫生信息平台，完善五大业务应用系统建设，建立居民电子健康档案和电子病历基本数据库，健全覆盖全行业的卫生信息网络，建立居民健康卡，完善中医药信息系统建设。