重庆大学档案馆由馆长郑善学领导，副馆长杨艳协助，馆长助理为喻玲。馆内设有多个部门，各司其职。
技术编研办公室负责馆内日常事务，包括档案信息化建设、档案编研等工作，由喻玲兼任负责人，成员包括智显、钟晖和杨武。
收集指导部专责对全校各立卷部门的文书立卷工作进行业务指导和检查验收，由阳海彬担任负责人，成员有张娅、施晓妍和唐柳。
管理利用部的核心任务是馆藏档案的查借阅工作，负责人是陈蔚红，成员包括郜萍和曹熙红。
人事档案部负责教职工人事档案和在校学生个人档案的管理工作，由胡云负责，成员韩伟和罗安亮共同协作。
在虎溪校区，档案馆设有专门办公点，负责对校区各立卷部门进行业务指导和验收，同时管理虎溪校区在校学生个人档案，以及各类馆藏档案的利用，由陶晓云负责这部分工作。
重庆大学档案馆于2000年6月由院原重庆大学档案馆(国家二级档案馆)、原重庆建筑大学档案馆(国家二级档案馆)和原重庆建筑专科学校综合档案室合并成为重庆大学档案馆，位于重庆大学B区校园内，档案馆用房建筑面积1200平方米，档案库房建筑面积800平方米，其中第一、二层楼为档案库房，第三层为日常办公区。2000年底以前，三校档案馆陆续搬迁，库房、档案实体、工作人员集中，实现了实质性融合。