1、内涵不同：政府部门、行政单位是国家机关，而事业单位是实施政府某项公益服务的部门，是社会服务组织。
2、担负的职责不同：政府部门、行政单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥；而事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。
3、编制和工资待遇的来源不同：国家部门、行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担。事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。事业单位由全额拨款的，有部分拨款的，还有事业单位企业化管理的。行政单位人员的工资按《公务员法》由国家负担，而事业单位则根据不同的管理模式实行不同的待遇。 行政单位或事业单位根据根据工作性质，也有具有行政事业编制的非公务员的人就职，一般是从事后勤保障的工勤人员，他们的待遇除职权不同外，收入和公务员完全一致。
1、定义的区别
事业单位的定义：事业单位是指为了社会公益目的，从事教育、文化、卫生、科技等活动并以非盈利性为主的社会服务组织。同时部分事业单位也同时是行使行政职权的组织。
行政单位的定义：行政机关是指依宪法和有关组织法的规定设置的，行使国家行政职权，负责对国家各项行政事务进行组织、管理、监督和指挥的国家机关。
2、内涵的区别
行政单位是国家机关。
事业单位是实施政府某项公益服务的部门，是社会服务组织。
3、担负的职责区别
行政单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥。
事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。
4、编制和工资待遇的来源不同
行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担。 行政单位或事业单位根据根据工作性质，也有具有行政事业编制的非公务员的人就职，一般是从事后勤保障的工勤人员，他们的待遇除职权不同外，收入和公务员完全一致。
事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。事业单位由全额拨款的，有部分拨款的，还有事业单位企业化管理的。
参考资料来源：百度百科-行政单位
参考资料来源：百度百科-事业单位
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只要记住一个原则，只要在机构名称含有“部”、“委”、“办”、“局”的，一般都是行政单位。
1、“部”，有组织部、宣传部、统战部等；
2、“委”，有政法委、发改委、住建委、国资委、工信委、城管委等；
3、“办”，有委办、府办、法制办、应急办、外事教务办、人防办、扶贫办等；
4、“局”，最多的就是局，比如财政局、国土局、公安局、人社局、农业局等。
部委办局是党委政府的组成机构，作为行政主体机构行使具体职能，是当然的行政单位。除此之外，人大和政协也是行政单位，使用的是行政编制。剔除以上机构，各大部委办局的二层机构，以及各类站所、中心都是事业单位。
群团组织和民族党派机关比较特殊，像工会、团委、妇联、文联、科协、侨联、工商联、妇联、贸促会、残联、红十字会，以及民革、民盟、民建、民进、农工党、致公党、九三学社，虽然不是行政机关，但属于参公单位，与公务员无异。
是指进行国家行政管理、组织经济建设和文化建设、维护社会公共秩序的单位,主要包括国家权力机关、行政机关、司法机关、检察机关以及实行预算管理的其他机关、政党组织等。与行政机关是有区别的，这里主要是财政上的概念。
事业单位
（Institutional
Organization），是指国家为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。（《事业单位登记管理暂行条例》国务院第252、411号令）
事业单位一般要接受国家行政机关的领导，要有其组织或机构的表现形式，要成为法人实体。从目前情况来看，事业单位绝大部分由国家出资建立，大多为行政单位的下属机构，也有一部分由民间建立，或由企业集团建立。与企业相比，事业单位有以下特征：一是不以盈利为目的；二是财政及其他单位拨入的资金主要不以经济利益的获取为回报。
中国的事业单位在功能上对应国外的是非营利组织（NPO）、非政府组织(NGO)，国外的这些组织是社会自治组织，在中国的事业单位和政府的关系比较密切。这种不同点，有些是社会制度不同造成的，有的是由于中国的社会自治能力不足造成的。