西南交通大学有3个校区，分别为九里校区、犀浦校区和峨眉校区。
犀浦校区：
犀浦校区为主体校区，重点批次本科学生和部分研究生在犀浦校区。占地3000亩，总投资逾20亿元，建设思路以人为本。一方面在教学区营造庄重、严肃的人文艺术空间，充分体现百年名校“严谨治学，开拓创新”的学术氛围和“严谨、刻苦、求实、创新”的优良作风。另一方面学校以沱江为依托营造了“青草岸阔，曲水飞桥，青竹吐翠，灵毓吉祥”的生态校园气氛。接通南校门的是承唐路，顾名思义，就是要继续传承唐院的精神和传统的意思，承唐路前面是教学区，如今投入使用的是一号，二号，四号至八号这七栋楼，九号教学楼提供少量自习室。向西走过秋华路是生活服务区和宿舍。宿舍楼每间四人，有卫生间，有热水，有宽带接口。生活服务区有各种商铺，比如书店、饭馆等。
九里校区：
2008年学校工作重心转移，主校区由九里迁至犀浦校区，九里校区功能定位为国家实验室（筹）及主要支撑学科的研究生、继续教育基地，占地1000余亩。九里校区拥有“交通运输工程优势学科创新平台”、“轨道交通国家实室”（筹）以及在世界交通领域有着重大影响的“牵引动力国家重点实验室”，并设有国家大学科技园。校区立足于轨道交通特色学科发展、人才培养和科学研究，并充分利用办学优势开展继续教育和网络教育，为建设“交通特色的多学科协调发展的高水平研究型大学”、为国家轨道交通建设和地方经济发展贡献力量。
峨眉校区：
1989年西南交通大学主体迁往成都市，同年在峨眉原址设立西南交通大学峨眉分校。2003年峨眉分校更名为峨眉校区。 西南交通大学峨眉校区坐落在风景秀丽、拥有世界文化和自然双遗产的峨眉山风景区内，占地1033余亩，建筑面积28万平方米。是四川省、乐山市、峨眉山市"园林式单位"，素有"花园学府"之美誉，校区是工作、学习、科研和生活的理想之地，也是教育部所属高校中唯一一所地处双遗产风景区的高等院校。