首先你要确定究竟你的孩子是日本护照还是中国国籍。
中国国籍法规定了不允许拥有多重国籍，拿日本护照，即为日本人。不可能继续保留中国国籍。那么依照外国人出入关中国的规定来走。
保留中国国籍，那么就不可能继续使用日本护照，拿的必须是中国护照，除入关规定依照中国人出入境的规定来走。
所以你需要先确定孩子究竟是日本人，还是中国人，这样才能说之后出关的问题。
参考
第三条
中华人民共和国不承认中国公民具有双重国籍。
第四条
父母双方或一方为中国公民，本人出生在中国，具有中国国籍。
第五条
父母双方或一方为中国公民，本人出生在外国，具有中国国籍；但父母双方或一方为中国公民并定居在外国，本人出生时即具有外国国籍的，不具有中国国籍。
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