萧大鹏逃出家门后，直接找到同时从农讲所回来的黄剑峰，共议如何开展农民运动的大事。他们的想法和当时党组织的想法不谋而合。1927年10月，在南昌、武汉学习的丘倜、钟声楼、朱学玖、李骏等同志都先后回到了于都，并根据中共“八·七”会议的决议精神，决定迅速恢复农民协会，进一步武装农民，准备举行冬季暴动，夺取县城和村镇，打击敌人的嚣张气焰。萧大鹏在于都临时县委的领导下，立即投入到发动农民武装暴动的准备工作中。1928年2月6日元宵节晚上，南乡16个村组成了六台花鼓戏在里仁圩演出，参加的农民约有二千余人，演出了反映地主压迫贫苦农民的剧目《迫租》等节目，大大激发了农民对地主豪绅的报仇雪恨情绪。二月下旬，萧大鹏又参加了赣南特委萧韶同志在里仁水镜寨子脑召开的特别会议，会上进一步详细讨论了暴动计划和具体部署。1929年2月29日晚饭后，萧大鹏和张文焕、高克勤等人，带领里仁圩四周村落的农民群众近二千余人，手执红旗、鸟铳、红缨枪等出发了，他们在里仁圩杀了大恶霸地主刘伯纯、陈礼洪。第二天，又指挥劳苦农民将田契债约投入大火中烧毁，并分了地主的粮食，取得了南乡暴动的胜利。与此同时，西乡的农民暴动也取得了胜利。三月四日，西南两乡暴动的农民分别聚集在西郊水南一带，里仁暴动队伍负责攻打县城南面，西乡暴动队伍攻打西门。敌人龟缩城内，连续三天三夜，于都县城久攻不克。这时恰遇连日下雨，土枪土炮均被雨淋湿而无法使用，暴动队伍只得撤出战斗，三月八日第二次攻城，也以失败而告终。
攻城受挫后，萧大鹏和中共于都县临时县委书记丘倜、萧韶等一起，转移到北乡桥头，协助朱学玖，钟声楼继续组织和指挥桥头农民暴动，暴动失败后，于都县临时县委在樟木山召开了会议，认真总结了暴动受挫经验教训，并决定派萧大鹏到东固参加武装斗争，学习他们的武装斗争经验。1928年4月，萧大鹏参加了工农革命军第七纵队，并且担任了江西工农革命军第三师第七纵队第二区队队长，血的经验教训使萧大鹏认识到了武装斗争的重要性，自此，萧大鹏开始了他的红军战斗生涯。
东固革命根据地是第二次国内革命战争时期中国共产党最早创建的革命根据地之一，萧大鹏所在的第七纵队是一支能征善战的队伍，令敌人闻风丧胆的革命武装力量。萧大鹏在这个革命大熔炉中迅速成长。1928年6月30日，参谋长赖经邦率领第七纵队攻打兴国枫边靖卫团，捣毁靖卫团的巢穴；七月，他们又前往协助兴国崇贤武装暴动，活捉并处决了恶霸罗爵高、罗镰扬，击毙了靖卫团长曾文绚，没收了恶霸地主邹瑞槐的浮财，缴获了步枪十五支，短枪一支，拔掉了东固南面这个反动据点。接着，萧大鹏和其它兄弟部队一起，打退了吉安、吉水、永丰、泰和、兴国等县反动派组织的所谓“五县会剿”，使东固革命根据地得到壮大和巩固。1928年9月，七、九两纵队奉令在吉水埠田整训，并正式合编为江西工农红军独立第二团，萧大鹏任该团一连连长。红二团成立之际，正值湘赣两省敌军“会剿”井冈山之时。红二团处于国民党军队云集的吉安附近，东固便成了敌军进剿的重点。为了保存实力，红二团决定留一小部分兵力在吉水埠田和吉安延福之间坚持游击斗争，大部队则东渡赣江开展游击战。1928年12月10日，红二团奔袭乐安城，萧大鹏带领全连战士一路猛冲猛打，在兄弟连队的配合下，迅速攻占县城，毙敌六人，俘虏靖卫团丁17人，缴获枪枝57支，还镇压了土豪游高祥和元传宗。这一仗，打出了红军的士气和威风，震动了整个赣中大地。同年12月20日，红二团又和红十五纵队一起攻克了兴国县城，缴枪200余支。
经过几个月腥风血雨的战斗生活，萧大鹏在战斗中增长了不少才干，军事指挥才能不断提高，他由一个文弱书生逐渐成长为一名驰骋疆场的勇士。
1929年9月，根据斗争需要，萧大鹏调任宁都县游击队副队长，领导宁都革命武装斗争。这是一支拥有300多名队员，160余支枪，具有较强战斗力的队伍。萧大鹏到任不久，即和队长彭澎一起，经过周密的计划安排，率队攻打宁都县城，捣毁了县衙门，为宁都县苏主席王俊烈士报了仇，并救出了王俊夫人。
“二七”陂头会议后，赣西南的革命斗争形势蓬勃发展，革命武装不断壮大。1930年4月，宁都县游击队所辖的第一大队编入主力红六军第二十五团，萧大鹏也随队入红六军。同年五月十九日，赣西南苏维埃政府决定在赣南的于都和信丰分别设立东河办事处和西河办事处，萧大鹏被任命为东河办事处主任。不久，在于都又成立了赣南暴动总指挥部，萧大鹏又改任赣南暴动总指挥。在1930年5月至7月间，萧大鹏多次出色地指挥了赣南各县的赤色武装，并三次组织攻打赣州城，骚扰了东河各县的反动地方武装。表现尤其突出的是1930年5月间，赣县七坊靖卫团和于都东乡靖卫团、水头靖卫团串通一起，分三路同时向于都县城进攻。此时，中共东河行委、东河办事处、赣南暴动总指挥部和于都县委等领导机关都集中驻扎在于都县城，情况非常危急。面对敌人的进攻，萧大鹏临危不惧，他沉着、冷静地分析了敌我形势后，果断决定抢先占领有利地形，出其不意，阻击敌人，并亲自率领于都红二十七纵队二中队快速赶到由七坊到于都的必经之路五龙圩，埋伏在四周的高山上。当敌人果如原来所料进入伏击圈后，只听萧大鹏一声令下，敌人四散而逃，溃不成军，很快打败了数倍于我军的敌人。接着，赣南暴动总指挥参谋长朱学玖也率领三中队，击退了东乡靖卫团的进攻。下午，二十七纵队的三个中队集中在一起，在萧大鹏、朱学久的共同指挥下，又击溃了水头靖卫团的进攻，取得了一天连打三个胜仗的战绩，充分显示了萧大鹏临危不乱的军事指挥才能和英勇果敢的英雄胆略。
1930年7月，赣南暴动总指挥部撤销，萧大鹏调任红二十军一七二团团长。在此期间，他曾带领全团战士，多次参加攻打吉安的战斗。在第九次战斗中，萧大鹏奉命负责攻打吉安附近的金鸡山，金鸡山是敌人的主要防御阵地，四周有铁丝网，山上火力点密布。为了尽快攻下金鸡山，萧大鹏发动大家搬来稻草，铺在铁丝网上，并冒着生命危险，带头翻铁丝网，跳入战壕。经过几个小时的较量，一七二团终于冲上了山头，消灭了金鸡山的守敌，为攻打吉安扫清了障碍，辅平了道路。攻克吉安后，萧大鹏奉军部命令，率部乘胜追击残敌，在峡江歼灭了靖卫团近百人，缴枪近百枝。同年十月，萧大鹏又率领一七二团击溃永丰守敌一个团，占领了永丰县城。
