漠河是在中国的最北端。根据地理原理，半年太阳直射点在南半球，因此北半球范围内越往北太阳高度角越小，获得的太阳辐射也就越少，这是北方冬季寒冷的根本原因。
再加上北方没有明显的高山高原阻挡，从俄罗斯西伯利亚来的冷空气能够从黑龙江北部长驱直入，漠河作为最北方的城市受到的影响最大，所以漠河冬季很冷。
漠河的气候是温带大陆性气候中的亚寒带针叶林气候，受到西伯利亚地区影响，吹西北风，干燥寒冷，北太平洋气候影响不到，所以气候干燥寒冷。
自然资源
水资源
漠河市境内季节冰封，常年流水的有名河流有98条。无名河流800余条。河岸线总长14831.4公里。其中，黑龙江在县境内流长245公里。年径流总量约65.5亿立方米，平均年径流高度约200毫米，总平均出境水量30亿立方米。境内水域总面积269.4万亩，不包括黑龙江季节性积水面积，人均占有自然水面30亩。全市境内水质为重碳酸盐（HCOs）水，属低矿化度，为软水。
境内中小河流多在10月下旬开始冰封，4月下旬开始化冻。冰封期长达7个月之久，冰层厚度1—2.5米，除较大干流外，一般均冰冻绝底。冬季水温在20℃左右，夏季小河水温6℃左右，黑龙江漠河段夏季水温14—16℃，均属水温分类中的冷水型。
植物资源
漠河市山区的野生植物资源丰富。由于受地理和气候条件的影响，野生植物种类相对较少，但其中目、种、属却比较齐全。种群面积分布较大，具有很大的资源优势和重要的经济与科学研究价值。已发现野生植物为8000种，隶属23目，41种，99属。漠河植物区系隶属于泛北植物区，欧、亚森林植物亚区，大兴安岭植物区。
野生植物种类不多，其区系成分却很复杂。既有寒温带针叶林区植物种类和寒带阔叶混交林区植物种类，又有温带草原区植物种类。特有种不多，罕见种仅有红松一种。区系内，以兴安落叶松占优势的明亮针叶林为主体。组成树种有白桦，成分比较简单，种数较少，特征种更少。维管束植物共有1000—1100种。其中：特征种只有岩高兰、布袋兰等。