问这个问题的怕不是真的火影迷吧？实际上，因为人家斑给长门的轮回眼就是两只，只不过是在开启轮回眼的过程中斑有一只写轮眼处于失明的状态。
（一）宇智波斑
提到长门的轮回眼，就不得不提宇智波斑，宇智波斑因为和初代火影千手柱间意见不和，斑就叛出木叶自己发展去了，千手柱间怕宇智波斑叛出木叶后，会做出危害木叶村的事情，就和斑在终结之谷打了一场，虽然千手柱间打败了宇智波斑，但是斑用伊邪纳岐躲过千手柱间的致命一击，斑在千手柱间昏迷时候咬掉千手柱间一块肉，宇智波斑也是因为这块肉得到了柱间细胞。因此在宇智波斑复活以后确实是只有一只永恒万花筒写轮眼正常，另一只是失明状态。
直到宇智波斑融合柱间细胞以后，过了很长时间开启轮回眼。里边的问题主要在于为何宇智波斑能够在一只眼睛失明的话还能够得到完整的两只轮回眼，这里应该算是其中的BUG了，毕竟火影中很多设定都存在漏洞。 斑在升级成轮回眼之前确实因为使用伊邪那岐只有一只永恒万花筒写轮眼正常，另一只是失明的状态，但是在宇智波融合了因陀罗和阿修罗的查克拉以后得到的是完整的两只轮回眼，当他开启轮回眼后，就明确了终极目标，也就是无限月读。
（二）移植长门
在宇智波斑成功开启轮回眼以后，自己的预期寿命已经基本上用完了，但是宇智波斑并不打算轻易的离开忍者世界，因此准备利用长门的特殊血统适应性继承自己的轮回眼，随后在时机合适的情况下发动轮回天生让宇智波斑复活，所以宇智波斑是留给了长门两只轮回眼，至于如何移植到长门身上的同样属于火影中的未解之谜。
至于为什么选择长门?长门估计是罕见的能移植两只轮回眼而没有副作用的人，忍界一共就斑那一双轮回眼而已，除了斑自己能承受，带土最多也就装一只都快要迷失了，而只有长门体质超群，能够装两只而无副作用。为什么有两只？
其实没人知道为什么会有两只，因为一只眼睛照样可以用外道.轮回天生之术，但是，注意了，请注意，一定注意。伊邪那歧的副作用是“失明”而不是“摧毁一只眼球”。 因此斑复活后失去的只是一只眼的视力，那只眼睛完整的生理结构、查克拉经络、进化状态，甚至有可能连瞳力，都并没有失去。所以眼睛还是有两只，这个问题明显属于看动漫的时候没有仔细看剧情的缘故。
火影中长门的轮回眼明明只有一个，为啥会看到两个，个人认为这是看动漫不仔细造成的，因为人家斑给长门的轮回眼就是两只，只不过是在开启轮回眼的过程中斑有一只写轮眼处于失明的状态，下面具体说明一下。
宇智波斑因为需要融合柱间细胞使用了伊邪那岐的能力复活，而伊邪那岐的代价是一只写轮眼失明。
剧情中宇智波斑看了被黑绝篡改的石碑以后就一直在想办法得到柱间细胞以升级自己的能力，因此才会有后续的柱间和斑之间的对决。而且宇智波斑为了防止被柱间干掉没有机会融合柱间细胞使用了伊邪那岐。
最后才能死而复生，因为伊邪那岐可以规避使用者受到的不利状态，因此在宇智波斑复活以后确实是只有一只永恒万花筒写轮眼正常，另一只是失明状态。直到宇智波斑融合柱间细胞以后，过了很长时间开启轮回眼。里边的问题主要在于为何宇智波斑能够在一只眼睛失明的话还能够得到完整的两只轮回眼，这里应该算是其中的BUG了，毕竟火影中很多设定都存在漏洞。
斑在升级成轮回眼之前确实因为使用伊邪那岐只有一只永恒万花筒写轮眼正常，另一只是失明的状态，但是在宇智波融合了因陀罗和阿修罗的查克拉以后得到的是完整的两只轮回眼。
由于斑开启轮回眼的阶段自身寿命已经所剩无几，所以才决定把轮回眼移植给长门以便自己未来能够利用轮回天生复活。
在宇智波斑成功开启轮回眼以后，自己的预期寿命已经基本上用完了，但是宇智波斑并不打算轻易的离开忍者世界，因此准备利用长门的特殊血统适应性继承自己的轮回眼，随后在时机合适的情况下发动轮回天生让宇智波斑复活，所以宇智波斑是留给了长门两只轮回眼，至于如何移植到长门身上的同样属于火影中的未解之谜。
不过可以确定的是剧情中宇智波斑开启轮回眼时是双眼同时开启，包括已经失明的一只永恒万花筒写轮眼最后也变成了轮回眼。题主提到的问题明显属于看动漫的时候没有仔细看剧情的缘故。
最后总结一下，火影中长门的轮回眼来自于宇智波斑，而宇智波斑的轮回眼是两只同时开启，因此长门的轮回眼也是一开始就有两只。分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。