肠道是营养物质消化吸收的主要场所，同时肠道内栖生着数量大、种类多的菌群，这些菌群在肠道特有的环境条件下发挥着调控宿主营养代谢和促进粘膜免疫系统成熟的双重作用。益生菌就是其中一种以活菌为主的微生态制剂，在人和动物肠道内，通过栖生、偏生、竞争或吞噬等复杂关系，改善宿主肠道微生态菌群的平衡进而发挥促进食物有益代谢、提高免疫力、防治代谢性疾病等作用。
1.益生菌与肠道屏障作用
肠道屏障和肠道菌群是保证肠道健康的两个主要因素。肠道屏障是机体抵御病原微生物和食物变应原进入肠道的第一道防线，益生菌能保护这道防线。益生菌刺激肠上皮粘蛋白的产生，促进肠上皮细胞分泌β防御素，增强肠上皮细胞的自我保护。同时增加紧密连接蛋白对上皮细胞层的作用，抵抗病原对上皮细胞紧密连接的破坏。
2.益生菌与腹泻
腹泻是儿科常见病，儿童时期肠道免疫功能不健全。年龄越小，其肠道微生态平衡越脆弱，越容易受到各种因素如病毒、细菌、食物毒素、药物、变态反应以及全身性疾病的影响。补充益生菌对儿童腹泻有较好的治疗作用。益生菌在肠道内定植、增殖，形成一层有保护作用的生物屏障，同时发酵产生醋酸和乳酸，还能产生一些抗菌活性物质，形成广泛抗菌作用的化学屏障。还能刺激机体免疫系统产生免疫活性物质，形成免疫屏障。
3.益生菌与炎症性肠病
炎症性肠病的发病机制目前尚不清楚，但普遍认为肠道微生物的参与起了重要作用。用益生菌进行治疗，通过肠上皮细胞的相互作用，可以减轻炎症性肠病的症状。
4.益生菌与肠易激综合征
肠易激综合症是一系列以腹痛、排便习惯改变、胃肠胀气为临床表现但肠结构正常的综合征。一项有关23种益生菌治疗肠易激综合症的系统综述分析表明，益生菌能改善肠易激综合症的症状，降低腹痛。
综上所述，益生菌与肠道健康密切相关。但值得一提的是，益生菌维护肠道健康的作用具有种属差异性，不同种属的益生菌，其主要作用途径和活性可能不同。目前多数研究表明，混合菌制剂比单一活菌制剂更有效。但值得提醒的是，如果宝宝没有腹泻等消化道不适，没有必要购买此类产品。因为只要饮食均衡，不偏食，日常摄入的食物基本就可以满足肠道菌群平衡需要了，没有必要去服用益生菌药物。如果过度夸大益生菌产品效果，比如提高免疫力，这其实是忽悠广大家长朋友，这一点值得警惕。