法律分析：个人所得税申诉对企业是有影响的,因为税务局会通知该企业配合调查,提供相应的员工的社保,工资计提、申报、发放明细,企业账本等,如果调查的结果显示,该企业申报的收入的金额无误,则调查终止。如果调查结果显示申报错误,有多申报,虚假申报的情况,则需要补交企业所得税和滞纳金。个人所得税申诉，对企业是有影响的。当一个单位被个人申诉的情况下，税局会通知单位去解释被申诉的原因，如果解释不清，可能会被认为是有意控制工资薪金的申报，从而减少企业所得税的缴纳，有构成逃税嫌疑，可能导致查账或者补交税款的。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。