传说如下：
这是一座十分方正的院落，大门紧闭，远观可见高大的主殿位于院落后排，钟鼓楼居中，几株古老的松柏和古槐矗立院中。大门上的匾额上书：敕建北顶娘娘庙。“敕”这个字显示着它与皇家的关系，也告诉人们这不是一座普通的庙。
史书上记载，明清两代北京寺庙众多，城内庙宇多为香火之地，城外庙宇多为游春、庙市的场所。北京城郊共有“五顶”，以东西南北中的方位命名，供奉着不同的娘娘。金启宗先生在《北平郊区的满族》一书
中说：“娘娘在营房中人的心目中的地位，仅次于关老爷。他们还知道这几座庙里娘娘之间的关系，据说都是肉胎，年龄都是十几岁的小姑娘，是一母所生的亲姐妹。有一天母亲带着三个女儿去逛南顶（在左安门外），大姑娘非要上大殿香案上坐不可，母亲阻拦不住。庙里的和尚就劝说：‘她要上去，就一定是有根基的，不用拦她了。’谁知这位姑娘一坐金佛龛，立刻坐化，就成了肉身的娘娘。母亲悲痛之余带着剩下的两个姑娘去逛北顶（在安定门外），二姑娘又坐进了佛龛坐化了，成了北顶娘娘。
母亲只好带着三女儿回家，谁知在归途中三姑娘闹着要逛西顶庙，母亲又答应了，结果三姑娘又在西顶庙坐化，成为肉身娘娘。”五顶娘娘庙各有特色，中顶以社火、走会为主；南顶跑车、赛马闻名；西顶为皇太后祝厘之所；北顶、东顶为庙市，是民间物资交流的场所。如今，这五座娘娘庙中能修复的只有北顶娘娘庙了。修复后的北顶娘娘庙位于北京中轴线北延长线的北端，已成为北京北端的标志性建筑。