我认为在早期的故事中，毛利兰会经常会因为柯南的一个小动作或者一句话产生疑虑，突然灵光一闪就会联想到柯南和消失已久的工藤新一有那么一丝相似，再接着就必然会得出柯南就是工藤新一的结论，尤其是在早期动画中，这样的场景是有不少的，但每一次都被柯南机智的化解，这才一直隐瞒了下去。而在中后期的故事中，小兰对柯南的怀疑基本上见不到，连提都不再提起，这也是不少人疑惑的地方。在我看来，中后期的小兰不再怀疑柯南的原因有好几个：
1、小兰不相信人会变小
在《每月一件礼物威胁事件》就开始怀疑柯南，虽然成功套路柯南承认，但柯南脑子转的快，很快又忽悠过去，在小兰第一次怀疑时想的确实是想到了大人怎么可能突然变成小孩子，又不是科幻片，在随后阿笠博士用新一的声音打消了小兰的怀疑念头。
2、工藤有希子的否认
在《走投无路的名侦探 连续两大杀人事件》中，柯南再次被小兰怀疑，起因是看到了新一小时候的照片，刚好走到工藤新一家里碰上工藤有希子，于是小兰就让有希子证实柯南就是有希子的儿子工藤新一，然而有希子却否认了，并且把与柯南的关系说成是她爷爷的哥哥的女儿的表妹的叔叔的孙子，总之就是柯南是她的亲戚。
3、工藤新一和柯南同时出现
在《危命的复活》特别篇中，柯南造到小兰的怀疑，在这种情况下，是灰原哀拿出来试验品用的解药，让柯南暂时恢复成工藤新一出现在大家面前，而灰原哀则是化装成感冒的柯南出现，这样工藤新一和柯南就一同出现在小兰面前，就算小兰还有疑虑，在真的工藤新一面前也没有理由再怀疑下去吧。
从这三次的怀疑和结尾收场来看，小兰基本上没有再继续怀疑的必要，既然认为人不可能返老还童，而且柯南和新一都同时出现在自己面前，连有希子又亲口说明柯南是她的亲戚关系，小兰只能觉得柯南很像新一而已。
我觉得毛利兰早期经常怀疑柯南身份，后期不怀疑是因为没有必要了。在早期的故事中，毛利兰经常会因为柯南的小把戏或话语而产生怀疑。一道突如其来的闪光表明柯南和失踪了很长时间的工藤新一非常相似。然后，它将不可避免地得出结论，柯南是工藤新一。尤其是在早期的动画中，有很多这样的场景，但是柯南每次都巧妙地解决了它们，这就是为什么它总是被隐藏起来。在中晚期的故事中，小兰对柯南的怀疑基本上是看不见的，甚至不再提及。这也是许多人怀疑的地方。
小兰不相信人会变小。我开始怀疑柯南在《每月一件礼物威胁事件》中的表现。虽然柯南成功地承认了，但柯南的思维迅速转变，很快愚弄了他。当小兰第一次怀疑时，他真的想到了成年人怎么会突然变成孩子，而不是科幻电影。然后，阿笠博士用新的声音驳斥了小兰的怀疑。
工藤有希子的否认。在《走投无路的名侦探 连续两大杀人事件》中，柯南再次被小兰怀疑，因为他看到了一张新孩子的照片，就走到工藤新一家去见工藤有希子。小兰要求习字证实柯南是习字的儿子工藤新一。然而，希子否认了这一点，并说他与柯南的关系是他祖父的兄弟的女儿的表弟的叔叔的孙子。简而言之，柯南是她的亲戚。
工藤新一和柯南同时出现。在《危命的复活》的特别文章中，柯南引起了小兰的怀疑。在这种情况下，它是海原艾拿出来测试产品的解毒剂。柯南被暂时恢复为工藤新一，出现在所有人面前，而海原艾则伪装成感冒的柯南。因此，工藤新一和柯南一起出现在小兰面前。即使小兰仍然有疑虑，也没有理由在真正的工藤新一面前怀疑它。从怀疑和这三次的结局来看，小兰基本上没有必要继续怀疑。由于他认为人不可能回到老年，柯南和希子同时出现在他面前，甚至习字也亲自解释柯南和她有关系，小兰只能认为柯南就像新一一样。所以我觉得毛利兰早期经常怀疑柯南身份，后期不怀疑是因为没有必要了。
本回答被网友采纳《名侦探柯南》最初的故事中，小兰经常怀疑柯南是新一，因为自己与新一从小就一起长大，小兰对新一的习惯再熟悉不过了。从柯南的说话习惯和日常动作，小兰都会产生柯南就是新一的错觉。在后期，为何小兰就很少怀疑柯南就是新一了呢？这主要还是源于各人物的伪装和隐瞒。
小兰是一名高中生，她接受的现代科学式教育，而非科幻型的教育。人怎么可能变小呢？人肯定不能变小。因此，即使她怀疑，但根深蒂固的观念让她不得不减少思考这种可能性的存在。而且，柯南确实脑子转得快啊，在小兰怀疑的时候，让阿笠博士用变声器变成新一的声音与小兰通话，而自己同时在小兰身边晃荡，一个人怎么可能分身呢？小兰的疑虑被打消。
小兰再次怀疑柯南是新一的时候，新一的娘亲工藤有希子出面直接否认。直说柯南是工藤家的远方亲戚，小兰一想，连亲娘都否认柯南是新一，那柯南肯定不是新一。想必自己有这样的念头确实是因为想太多。后来的第三次小兰怀疑柯南是新一时，小哀直接戴上口罩装作生病的柯南，而柯南则吃了小哀给的试验品解药，而短暂变回了新一。新一和柯南同时出现在小兰身边，小兰又怎么会继续怀疑呢？
事不过三，三是一个让人放心的数字，既然三次怀疑都被现实打脸，小兰也没有继续怀疑的必要。这也就是为什么后期小兰很少怀疑柯南的身份了。
【剧情重复】这么多次怀疑从剧情上来说其实已经算重复的了，套路为柯南利用各种不寻常手法破案推理，以及义无反顾的冲向危险的地方让小兰产生怀疑，之后便是各种录音，变声器，柯南妈妈，怪盗基德，阿笠博士，灰原哀来解围，如果次数多了可能还会影响后面剧情。【观众知道结果】尽管小兰怎么怀疑，柯南就是全世界都知道是工藤新一，唯独小兰不会知道，在“世纪末的魔术师”里柯南抵不住小兰的泪水打算坦白，但是这个时候怪盗基德又出来解围，真叫人气的跺脚啊，所以后面不管有多少怀疑剧情，观众都知道结果，如果这种剧情多了反而不利于后面的情节发展，因为小兰一旦知道了真相，意味着长达二十多年的名侦探柯南要大结局了。
不过怀疑的剧情其实我还蛮喜欢看的，因为我好想看到小兰知道柯南就是工藤新一，每次都很期待，那么你喜欢看这种怀疑的剧情吗？