区别在于木马不传染,病毒传染，木马主要是盗取的密码及其他资料，而病毒是不同程度不同范围的影响电脑的使用,木马的作用范围是所有使用这台有木马的人在使用电脑时的资料,但是不会传染到其他机器,但是病毒可以随着软盘， U盘,邮件等传输方式或者媒介传染到其他机器.
木马和病毒都是一种人为的程序,都属于电脑病毒,为什么木马要单独提出来说内?大家都知道以前的电脑病毒的作用,其实完全就是为了搞破坏,破坏电脑里的资料数据,除了破坏之外其它无非就是有些病毒制造者为了达到某些目的而进行的威慑和敲诈勒索的作用,或为了炫耀自己的技术. "木马"不一样,木马的作用是赤裸裸的偷偷监视别人和盗窃别人密码,数据等,如盗窃管理员密码-子网密码搞破坏,或者好玩,偷窃上网密码用于它用,游戏帐号,股票帐号,甚至网上银行帐户等.达到偷窥别人隐私和得到经济利益的目的.所以木马的作用比早期的电脑病毒更加有用.更能够直接达到使用者的目的!导致许多别有用心的程序开发者大量的编写这类带有偷窃和监视别人电脑的侵入性程序,这就是目前网上大量木马泛滥成灾的原因.鉴于木马的这些巨大危害性和它与早期病毒的作用性质不一样,所以木马虽然属于病毒中的一类,但是要单独的从病毒类型中间剥离出来.独立的称之为"木马"程序.
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/41401861.html?si=2