乾清宫故宫内廷后三宫之一，与坤宁宫分别为传统意义上的帝、后寝宫。
乾清宫始建于明朝永乐十八年（1420年）。永乐二十年（1422年）毁于火灾。正统五年（1440年）重修竣工。正德九年（1514年）正月十六日晚放焰火不慎，将乾清宫和坤宁宫同时烧毁，正德十四年（1519年）重建乾清宫和坤宁宫。万历二十四年（1596年）乾清宫和坤宁宫又被烧毁，万历二十六年（1598年）重建竣工。
清兵入关以后，乾清宫在顺治十二年（1655年）重修。清朝嘉庆二年（1797年）乾清宫发生火灾被烧毁，嘉庆三年（1798年）重建，现存的乾清宫便是此次重建后的形制。
乾清宫的建筑规模居内廷之首。明朝，乾清宫是皇帝寝宫，自永乐帝至崇祯帝共14位皇帝曾在此居住。因宫殿高大，空间过敞，明朝皇帝在此居住时曾将该殿分隔为数室。
根据记载，明朝乾清宫有暖阁九间，分为上下两层，共置坐卧之床27张，后妃们得以来此进御。万历帝的郑贵妃为了争当皇太后而搞出的“红丸案”、泰昌妃李选侍争当皇后而移居仁寿殿的“移宫案”，均是在乾清宫发生。明朝，乾清宫也曾经用作皇帝守丧之处。
清朝顺治元年正月重建至顺治二年五月成，为后妃居所。顺治十二年正月照明代规制重建，顺治十三年七月建成，始作皇帝寝宫，因建筑品质低下经雨辄漏，顺治十七年三月放弃使用。康熙八年与太和殿、交泰殿同时重建，因大木难寻，缩编每间宽度，面宽由七间改为九间，仍作为皇帝寝宫。
自雍正帝移住养心殿后，乾清宫即改作皇帝召见廷臣、处理政务、批阅奏章、接见外藩属国陪臣、岁时受贺、举办宴筵的场所。一些日常办事机构，其中包括皇子读书的上书房，也迁入乾清宫周围的庑房。
清朝皇帝曾在乾清宫举行过两次千叟宴。第一次在康熙六十一年（1722年），第二次在乾隆五十年（1785年）。第二次规模最大，有三千多位六十岁以上的老人参加了乾隆帝（七十五岁）举办的宴会，包括大臣、官吏、军士、民人、工匠等等。
宴会时，乾隆帝召集一品大臣和年龄九十岁以上的老人到御座前赐酒，并赐予每人拐杖以及其他礼品。宴会上，众人联句赋诗三千四百多首，以显示“普天同庆，共享升平”，起到安抚民心的作用。
乾清宫也是清朝皇帝停灵、暂厝梓宫之处。世祖、圣祖、世宗、高宗、仁宗、宣宗、文宗、穆宗和德宗均停灵于乾清宫。停灵时间长短不一。按规定仪式祭奠后，再转停到景山观德殿等处，最后选定日期出殡，葬入清东陵或清西陵。
明朝时，乾清宫高挂“敬天法祖”匾，清朝改挂“正大光明”匾。匾上“正大光明”四字最初是顺治帝手书，康熙帝和乾隆帝都曾临摹，目前的版本是乾隆帝临摹的。
雍正元年（1723年），雍正帝曾经下诏，密建皇储的建储匣，存放在乾清宫“正大光明”匾后面。皇帝秘密选定并御笔亲书的写有皇位继承人名字的文书，一式二份，一份放在皇帝身边，一份放在建储匣内。
皇帝殡天后，在王公大臣的公证下，由秘密指定的皇子即位。此为秘密立储制度。此制度到咸丰帝时，因咸丰帝只有一个儿子而无法执行。往后的同治帝和光绪帝也无子，故未再执行此制度。
光绪三十二年（1906年），光绪帝在乾清宫接受奥匈帝国和法国两国使臣的国书。