农业部在规范性文件的管理规定中，对文件的审查过程有明确的制度。首先，第十五条详细阐述了政法司在进行合法性审查时的要点，包括文件是否符合相关法律、行政法规、规章的要求，是否与已有文件协调一致，制定程序是否合法，以及是否妥善处理了各方意见。同时，审查过程还会结合监察局进行制度廉洁性评估，确保公正透明。
如果在审查和评估过程中出现分歧，第十六条规定，政法司和监察局有权要求起草部门提供更多信息或对草案进行修改。如果发现文件存在问题，如违反法律权限、依据的法律正在修改或存在文件冲突且尚未解决，或者违反廉洁行政规定，第十七条则允许中止审查并退回起草部门进行修正。
最后，第十八条规定，经过审查和评估通过的文件草案，由起草司局拟写内部报告，并与政法司、监察局及相关部门进行会签，然后提交部常务会议进行审议，这是文件正式出台的必要步骤。
为加强农业部规范性文件管理，保证规范性文件质量，根据国务院《关于加强法治政府建设的意见》（国发〔2010〕33号），结合实际，制定《农业部规范性文件管理规定》。该《规定》经2012年1月5日农业部第1次常务会议审议通过，2012年1月12日中华人民共和国农业部令2012年 第1号公布。《规定》分总则，起草，审查，公布、备案和解释，清理、修改和废止，附则6章28条，自2012年2月15日起施行。