一、蛋白质数据库
1.UniProt (The Universal Protein Resource)
网址： uniprot.org/
ebi.ac.uk/uniprot/
简介：提供蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等。
2.PIR(Protein Information Resource)
网址： pir.georgetown.edu/
简介：提供及时的、高质量、最广泛的注释，数据库包括iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，与90多个生物数据库交叉应用。
3.BRENDA(enzyme database)
网址：
http://www.brenda-enzymes.org简介：提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据。
4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)
网址： mips.gsf.de/genre/proj/...
简介：提供哺乳动物蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等数据。
5.CyBase(cyclic protein database)
网址： research1t.imb.uq.edu.au...
简介：提供环状蛋白序列、结构等数据，提供环化蛋白预测服务。
6.DB-PABP
网址： pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP...
简介：提供聚阴离子结合蛋白数据，与NCBI蛋白数据库有交叉应用。
7.IUPHAR-DB
网址：
http://www.iuphar-db.org简介：提供G蛋白偶联受体、离子通道的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多样性等数据。
8.GLIDA
网址： pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp...
简介：提供G蛋白偶联受体-配体互作数据、配体数据、G蛋白偶联受体数据、同源受体关系网、保守识别区。
9.LOCATE
网址： locate.imb.uq.edu.au/
简介：提供哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据。
10.InterPro
网址： ebi.ac.uk/interpro/
简介：整合蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的综合数据库。
11.OKCAM
网址：
http://okcam.cbi.pku.edu.cn简介：提供人体细胞粘附分子数据。
二、蛋白质组数据库
1.GELBANK
网址：
http://gelbank.anl.gov简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱。
2.SWISS-2DPAGE
网址： expasy.org/ch2d/
简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图。
3.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)
网址： pimp.starflr.info/
简介：提供蛋白质突变数据库，通过蛋白质质谱图的改变，检测与疾病相关的突变。
4.Sys-BodyFluid
网址： biosino.org/bodyfluid/
简介：提供人体各种体液的蛋白质组数据。
5.BloodExpress
网址： hscl.cimr.cam.ac.uk/blo...
简介：提供小鼠造血过程基因表达数据。
6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)
网址：
http://centrosome.dacya.ucm.es简介：提供人体中心体蛋白数据。
7.ConsensusPathDB
网址：
http://cpdb.molgen.mpg.de简介：提供人类功能作用网络数据。
8.Proteome Analysis Database
网址： ebiac.uk.proteome/
简介：提供蛋白质组分析数据。
10.HPRD(Human Protein Reference Database)
网址： hprd.org/
简介：提供人体蛋白文献数据。
11.NOPdb
网址： lamondlab.com/NOPdb3.0/
简介：提供核仁蛋白组数据。
12.EndoNet
网址： endonet.bioinf.med.uni-goettingen.de...
简介：提供细胞通讯网络数据，包括激素、激素受体信息。
三、蛋白质互作、蛋白质网络数据库
1.3DID(3D interacting domains)
网址：
http://3did.irbbarcelona.orggatealoy.pcb.ub.es/3did...
简介：提供已知3D结构的蛋白质互作信息。
2.DOMINE
网址：
http://domine.utdallas.edu简介：提供结构域互作数据。
3.PiSite(Database of Protein interaction sites)
网址：
http://pisite.hgc.jp简介：在蛋白质序列中搜寻互作位点。
4.Binding MOAD
网址：
http://www.BindingMOAD.org简介：提供蛋白质-配体晶体结构数据信息。
5.Phospho.ELM
网址：
http://phospho.elm.eu.org简介：提供蛋白质磷酸化位点数据。
6.SuperSite
网址： bioinformatics.charite.de...
简介：提供蛋白质结合位点数据，包括结合机制、识别机制、保守结合位点等信息。
7.STITCH
网址： stitch.embl.de/
简介：提供蛋白质-化合物作用网数据。
8.Reactome
网址：
http://www.reactome.org简介：提供人体生命活动路径与过程数据，与其他数据库有交叉应用。
9.PID(Pathway Interaction Database)
网址：
http://pid.nci.nih.gov简介：提供人体细胞信号转导、调节活动及主要细胞生命过程的数据。
10.UniHI(Unified Human Interactome database)
网址：
http://www.unihi.org简介：提供人体蛋白-蛋白相互作用数据。
11.VirHostNet
网址： pbildb1.univ-lyon1.fr/v...
简介：提供病毒-宿主蛋白质互作数据。
12.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)
网址：
http://bionemo.bioinfo.cnio.es简介：提供生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据。
四、蛋白质三维结构数据库
1.PDB(Protein Data Bank)
网址： rcsb.org/pdb
简介：提供生物大分子的三维结构数据、序列详细信息、生化性质等。
2. SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)
网址： sarst.life.nthu.edu.tw/
简介：提供高效的蛋白质结构比对数据。
五、蛋白质基序数据库
1. CDD(Conserved Domain Database)
网址： ncbi.nlm.nih.gov/Struct...
简介：提供蛋白质保守结构域信息，用于分析、预测蛋白质功能。
2.Blocks
网址：
http://blocks.fhcrc.org简介：提供蛋白家族保守区数据。
3.CPDB(database of circular permutation in proteins)
网址： sarst.life.nthu.edu.tw/...
简介：提供蛋白质环形序列重组基序数据。
4.MegaMotifbase
网址： caps.ncbs.res.in/MegaMo...
简介：提供蛋白质基序家族、超家族数据。
5.Minimotif Miner
网址：
http://mnm.engr.uconn.edu简介：提供蛋白质基序检测数据。
6.Pfam
网址： sanger.ac.uk/Software/P...
简介：提供多序列比对服务和共同蛋白质结构域的隐马尔可夫模型数据。
六、预测类数据库
1.InterPreTS(Interaction Prediction through Tertiary Structure)
网址： russell.embl.de/cgi-bin...
简介：提供通过三级结构预测蛋白质相互作用的数据。
2.Predictome
网址：
http://predictome.bu.edu简介：提供蛋白质间功能关系预测数据。