1、“红与黑的对决”
如果我没记错的话，这应该是柯南全部系中，唯一一次，大规模的柯南FBI与酒厂的正面对决的一个章节，围绕着电视台女主播“水无怜奈”的一场盛宴，这此次对决中“警视厅”“CIA”“FBI”当然还有我们的主人公柯南都有参与。
FBI在一次行动中逮捕了昏迷不醒的水无怜奈，而她的真实身份实际是CIA的间谍，潜入酒厂，因为这事，他弟弟还半路杀出来搅局，而酒厂则是置法营救她，这竟然还是个有情有义的酒厂，之后水无与FBI达成了情报上的协议，FBI则以赤井秀一的假死做戏，又把她送回了酒厂去。
2、“山庄绷带怪人杀人事件”
“暴雪山庄”的孤岛形式，最早起源于推理小说大师“阿加莎”的作品，而之后的推理作品都尽数的引用，最是让我最印象深刻的两集，真的，没有之一。
柯南受园子邀请去一个山庄去玩，结果大雪封山，唯一的桥梁也被烧断了，而山庄里则出现了一个绷带怪人，在不断的杀人。揭露了真相后，绷带怪人是个胖子，而其中的作案手法，至今还是让我不寒而立，分尸也就算了，分尸了把尸体的头藏在肚子前的衣服里，各种意义上的接受不能。
我那时候看柯南这么多集的时候，都有点免疫力了，唯独这章的气氛渲染，以及作案的手法各种，让我至今都难忘以及恐惧，那时候真的是看了晚上还做噩梦，这才是真正的柯南。
柯南最好看的集数：
第128话：黑暗组织10亿元抢劫事件（组织）。
第129话：来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件（组织）第130、131话：竞技场无差别胁迫事件（哀的话令人费解：工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了）。
第162话：空中的密室（特别篇）第176—178话：与黑衣组织的再会（组织）。
第208话：通往迷宫的入口（特别篇）。
第219话：名侦探大集合（特别篇）。
第222—224（平次，和叶感情升华，人鱼小岛签名册上有宫野志保的名字）。
剧情简介
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南开始大显身手！
本回答被网友采纳大概在200集左右
还有他唯一一次哭是在M17绝海的侦探
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62【插画画家杀人事件】花与蝶的悲哀
73【米花之狼杀人事件】出没在米花一带的色狼
146-147【蓝色古堡探索事件】整容老太婆
185-188【二十年后的杀意·圣佛尼号连续杀人事件】很经典的案件
189【惨遭四次杀害的男子】富有喜剧色彩的一集
198-199【诅咒假面的冷笑】柯南最经典的密室手法，原创剧集巅峰之作
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11-12【钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件】柯南心中唯一的遗憾
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