手机支付服务的潜在用户最为担心的是安全问题。DoCoMo表示，远程锁定系统使得其他人无法使用用户手机的支付功能;影响手机支付业务增长的另外一个因素是扩展系统网络。日本电信电话移动通信网络公司推出“手机钱包”，这种手机配备了索尼公司制造的非接触型IC卡“Felica”，其用户可在商店等场所用手机付款。用户将需支付的金额预先下载到手机上，下载的金额由信用卡支付，然后就可以在“高岛屋”商场新宿店等9000多家电子货币“Edy”加盟店购物。付款时等收款员验价后，只须把手机往收款机的特定部位一放，“嘀”的一声就可把钱划入商店的帐号。 但是，这种“手机钱包”目前还存在安全问题。在手机丢失的情况下，4种手机中只有一种可以通过电话挂失冻结手机中的IC卡，手机制造商正在继续寻找解决安全问题的办法。
中国方面据“新一代移动支付”运营商瀚银科技日前透露，其首批10万张“手付通”SD卡，已在美罗店、多伦店、亚新店、西郊店、中环店、南京西路店和光大银行黄浦支行等8个网点，进行优惠推广活动，用户只需带好可植入SD卡的手机和身份证、银行卡，就能在网点现场，完成所有申请开通服务。与银行卡账户绑定后就可通过手机，方便地买到任何可用银联卡刷卡消费的商品。
“手付通”还使一张智能卡载入多张银行卡，等于一个手机同时绑定多家银行。交易时，透过瀚银移动商务服务平台与商户电子商务服务平台对接，在手机上完成整个销售过程或销售后的最后支付。据介绍，不同于网上银行，手机银行最大的特性，就是客户身份信息是与手机号码绑定的。如果在网上掌握了银行密码，就可在任一电脑上登陆。然而手机银行则不行，即使知道密码，也必须在你自己的手机上进行操作，才能看到你的账户信息。
“手付通”更是采用了封装成MicroSD卡的金融支付卡，来实现硬件加密，解决了手机远程支付的安全问题。SD卡的功能相当于网上银行的U盾，只要手机不丢，即使别人破解了银行账户密码，也无法实现资金交易。这是目前业内最先进可靠的安全技术，这种加密方式得到了央行科技司、中国银联、银监会、各大银行认可。当然，手机丢了，银行密码也被识破了，就相当于你将银行卡和银行密码同时交给了别人。
