基因组测序研究在媒体里热闹地反复出现，让这样一些数字为普通公众所熟悉：人与果蝇共享60%的遗传信息，与老鼠的相似度是80%，与黑猩猩的相似度约为98.5%（两个人之间的基因最多相差1.5%，所以黑猩猩与人的相似程度令人惊讶。而事实上，人同黑猩猩间的Rh阳性血型是可以互相输血的）。仅仅1.5%的差异，就决定了一个在笼子外面、一个在笼子里面；一个办奥运会、一个在树上跳来跳去；一个研究哥德巴赫猜想、一个数到9就很了不起；一个可以长成奥黛丽·赫本那样、一个全身披满黑毛；一个大讲“人生而平等”、一个在医学实验室里受折磨。直立行走、复杂语言、科学和艺术、哲学和宗教……这些人特有的东西，其根源都可追究到这1.5%。而在这1.5%中，又究竟是哪些具体的差异，在黑猩猩与人之间划出了界限？
美国科学家已于2003年绘制出了黑猩猩的基因组草图，但还不够精确和完整。在将黑猩猩与人这样的近亲进行比较时，很难说哪些基因差异是真的差异、哪里只是数据误差。在2004年5月27日出版的英国《自然》杂志上，一群来自旧大陆的第三类黑猩猩宣布，他们完成了对普通黑猩猩第22号染色体的测序。来自德国马普学会、日本理化研究所和中国国家人类基因组南方中心等机构的科学家说，他们联合进行的这次测序，所得的数据足够精确，适用于与人类基因组进行可靠的比较分析。
人类有23对染色体，黑猩猩有24对——大猩猩也有24对，例外的是我们而不是黑猩猩。黑猩猩的第22号染色体，对应人类第21号染色体。对比显示，两者DNA序列上对应区域间单个碱基（遗传信息的“字母”）之间的差异为1.44%，即“单碱基置换”差异。这个结果基本上在意料之中，平息了以前的一些争论。这次测序的错误率是每一万个“字母”错误不到一个，因此比较黑猩猩与人的两条染色体时，由数据误差而产生的差异，在全部“字母”差异中不足1%。
但对比的结果更多的是意外。人和黑猩猩的基因组中，都有大片大片的“垃圾DNA”，它们不编码蛋白质，不会对生理功能起什么作用。以前人们猜想，人与黑猩猩的基因差异，可能大部分存在于基因组中的垃圾地带。也就是说，在真正起作用的基因中，两者的差异更小。然而这次研究显示，DNA序列有用部分的差异，并不比无用部分更少，至少在这条染色体上是如此。科学家检查了231个被认为起作用的基因，其中83%存在差异，影响到了它们所编码的蛋白质的氨基酸序列（蛋白质是氨基酸分子构成的长链），不过微小的差异不一定影响到蛋白质的功能；有显著结构差异的基因约占20%，有47个。黑猩猩的基因组总共约有30亿个碱基，第22号染色体上约有3300万个，占总量的1%左右。由此看来，如果基因差异在各染色体上分布均匀，那么人与黑猩猩可能有几千个基因存在显著差异。寻找决定人与黑猩猩之差别的关键基因的工作，将比预料的更困难。
比较还显示，两条染色体之间存在大量的“插入/删除”（INDEL）差异。“插入”是指一段DNA出现在一个物种的DNA里却不在另一物种的DNA里，“删除”意思是某一物种的DNA有一个片段丢失了，INDEL是两种差异的总称。黑猩猩的第22号染色体和人类的第21号染色体，INDEL差异的DNA片断多达6.8万个。大多数片断很短，只有不到30个“字母”长，但也有的长达5.4万个“字母”。INDEL差异导致人类21号染色体比黑猩猩22号染色体多40万个字母，这意味着人和黑猩猩的共同祖先的染色体可能更长。在两者独立进化的过程中，黑猩猩的染色体损失了更多的DNA片断。
窥测局部带来的新发现，使科学家更加迫切地希望拥有准确而完整的黑猩猩基因组图谱，将它与人类其大猩猩等其它近亲的基因组进行比较。人与黑猩猩在生理和行为上的差异，也许并不是多少个基因的小小差异简单的累加，但对基因差异进行比较是不可缺少的基石。例如，负责此次测序的科学家正计划研究两个与神经功能有关的基因NCAM2和GRIK1，人类身上的这两个基因包含的一些大段DNA序列，在黑猩猩的版本中是找不到的，有关分析将为研究人类脑部功能带来新线索。此前，科学家对一个在语言能力方面有遗传障碍的人类家族进行研究后发现，一个称为FOXP2的基因对运用语言至关重要。它使人类可以灵活地控制嘴和喉部肌肉，发出复杂的声音。这个基因编码的蛋白质，在人和黑猩猩身上有两个氨基酸的差异。一些科学家认为，这是人的语言能力远远超过黑猩猩的原因。而语言的产生与运用，是人类有效传递信息、积累知识、创立文明社会的重要基础。FOXP2可能不是唯一的语言基因，更多有关的基因以及它们对人类脑部进化的影响，还有待发掘。
人与黑猩猩的相同与不同，只是学术问题。将来的研究是否会带来伦理问题，尚不可知。如果把黑猩猩归入人属（或者把人归入黑猩猩属），是否要承认它们具有一定的权利？捕捉、囚禁、医学实验，许多行为加之于人是可怕的罪行，加之于黑猩猩却充其量只会在特定情形下违反动物保护法。如果用更亲近的眼光去看待黑猩猩，需要作出什么改变呢？而且这不仅仅是人类作出一些物质利益上的牺牲就能做到的事，有时还要面对更艰难的选择。比如许多医学研究要用到黑猩猩等灵长动物，有的要在与人类最接近的动物身上观察新药的效用和毒性，有的要寻找一些疾病的发病机理或相关基因。
黑猩猩在生理上、高级神经活动上、亲缘关系上与人类最为接近，因此是医学和心理学研究，以及人类的宇宙飞行最理想的试验动物。但国际法律明文规定，不论任何理由任何方式，都不能用猩猩科属的动物来做医学研究等试验。
黑猩猩是与人类最相似的高等动物，研究表明，一些黑猩猩经过训练不但可掌握某些技术、手语，而且还能动用电脑键盘学习词汇，其能力甚至超过两岁儿童。然而研究人员无法训练它们用人类的语言大声讲话，这是为什么呢？1996年1月19日， 美国科学家发现，黑猩猩被呵痒时也会笑，在笑的同时还呼吸，听上去就像链锯开动的声音，而人类在讲话或笑时呼吸是暂时停止的，这是因为人能够很好地控制与发声有关的各部分隔膜和肌肉。科学家认为，能否讲话的关键在于神经系统对气流的控制，人类能讲话就是突破了这方面的限制，而黑猩猩却无此能力，这就揭开了黑猩猩不能讲话之谜。
有个惊人的事实：黑猩猩甚至会去吃他们的近亲——其他灵长目动物，如疣猴、狒狒等。他们甚至向同类不同群的黑猩猩发起进攻，从而得到领地和食物，类似于人类的战争。 英国女科学家珍妮·古道尔曾经对类人猿会不会制造工具这个问题作了观察和研究。她在肯尼亚对野生黑猩猩在自然条件下的生活进行了研究。经过长时间的耐心的工作，她和一群野生黑猩猩建立了“友谊”，以后就经常到它们居住的地点进行观察。
她发现，黑猩猩很喜欢吃白蚁。雨季的时候蚁窝的出口被泥土薄薄地封住，白蚁都在洞口里面等待雨季过去再离开窝穴。黑猩猩看到蚁窝的封口以后，就扒开一层泥土，用一根细树枝小心地插进洞口。这时，白蚁纷纷咬住树枝，于是黑猩猩就把白蚁拖出来吃掉。如果找到的树枝上面有叶子，黑猩猩就会把叶子摘掉。如果树枝弄弯了，黑猩猩就把弯曲的部分折断，使用树枝直的部分，照这样做下去，直到树枝短到不能使用，才丢弃了它。这位女科学工作者认为，这一切似乎意味着，黑猩猩为了适合自己的目的，对天然的物体进行了加工。
黑猩猩并不总是遇到蚁窝以后找寻树枝的。它们往往事先就折下树枝，携带着这根树枝走很远的路，沿途找寻白蚁窝来捉拿白蚁。
珍妮·古道尔认为，黑猩猩这种捉拿白蚁的本领，并不是天生的本能，而是后天观察和模仿同类学到的。 一、2007年12月日本研究发现：黑猩猩记忆力胜过人类
日本京都大学灵长类研究所的研究团队让接受过数字训练的年轻黑猩猩，与大学生比赛瞬间记忆事物的直观记忆力，结果黑猩猩不论准确率或速度都略胜一筹，就连历经半年直观记忆训练的大学生也难以胜出。相关研究将发表于2007年12月4日出刊的美国科学期刊“当今生物学”（Current Biology）。
主持该研究的京都大学教授松泽哲郎，在日本黑猩猩智能研究领域享誉盛名。他说包括科学家在内的绝大多数人，都认为人类的认知能力高于黑猩猩，但是实验结果证明其实不然，他本人也对此大感意外。
松泽让接受过数字训练的七岁黑猩猩阿优姆，以及另两只五岁的黑猩猩，分两阶段与大学生比赛。第一阶段中，电脑会在画面不同位置秀出一到九个数字，当受试者根据数字大小按下第一个数字后，其他数字就会变成白色方块，紧接着必须凭借记忆力根据数字大小依序按下其他数字。结果，黑猩猩的完成速度皆高于人类。
第二阶段中，电脑会瞬间秀出五个数字，然后立刻变成白色方块。当数字秀出时间为0.7秒时，阿优姆以及大学生准确率均约80%，不过当秒数缩短为0.2至0.4秒时，阿优姆仍能维持约80%的准确率，而人类的准确率却滑落至40%。
据说少数人类孩童拥有像黑猩猩的优秀直观记忆力，随着年龄增长会逐渐丧失，而年轻黑猩猩的表现也优于年长黑猩猩。松泽指出：“此能力应该源自于在自然界必须一眼辨识出敌友或果实成熟等需求。人类可能为发展语言等其他能力，而在进化过程中慢慢丧失此一能力。”
二、2009年2月英国研究：黑猩猩婴儿的智力在出生至9个月大时都胜于人类
科学家发现，小黑猩猩可能比同龄的人类婴儿还要聪明，人类婴儿在九个月大之后才会反超前黑猩猩。研究显示，接受人类“母亲般的呵护”的黑猩猩孤儿在认知能力测试中的表现比一般人类幼儿优胜。
英国朴茨茅斯大学的巴德教授向四十六只小黑猩猩进行认知能力测试，以了解它们对声音和物件等外界事物的情绪反应。研究人员亦曾对人类幼儿进行过相同的测试。
结果发现，接受饲养员特别照顾的小黑猩猩比由父母抚养的同龄人类幼儿具有更高的认知能力，人类幼儿要到九个月大后才反超前黑猩猩。
接受测试的黑猩猩饲养在美国阿特兰大耶基斯国家灵长类动物研究中心的猩猩保育室。巴德教授发现，这些黑猩猩比接受一般照护的黑猩猩更聪明、更快乐。她解释说：“受到呵护的黑猩猩较少感到紧张，不用常常抱着‘安慰毛毯’，它们与照护员的关系亦较好，较少出现摇晃身体这种习癖动作。”
她表示，研究显示小黑猩猩就像人类一样，需要情感和身体的支持，才能长大成“完全适应环境”的成年黑猩猩。
这已非首次有研究证明黑猩猩拥有高度智力。过往曾有一项研究显示，黑猩猩比部分大学生更能牢记数字。它们亦懂得制作工具觅食，捕猎技巧非常纯熟。它们还能学习符号的意思，亲属离世时会感到悲伤。
短时记忆能够超越人类
有一项研究显示，黑猩猩比人类更加聪明，至少在短期记忆方面超越了人类。相关研究发表在美国科学促进协会（AAAS）年会上。
日本京都大学灵长目研究协会研究员松泽哲郎(Tetsuro Matsuzawa)播放了一段视频，显示一只叫做“Ayumu”的黑猩猩具有不同寻常的记忆能力：当随机地将1至9数字在屏幕上呈现消失，黑猩猩竟然能够回想起每个数字的精确顺序和位置。同时，Ayumu还学会了1-19数字，能够按照升序逐个触摸它们。
