自明朝中期起，商品经济呈现出空前繁荣的局面，进入了继西汉、宋朝之后的第三个高峰。除明清之际因战乱一度受到破坏外，这一高峰基本上持续到了清朝。
由于农业多种经营方式的推广，很多地方的农业染上了商业色彩，农产品主要面向市场而并非自己消费，同时粮食商品化的趋势也日益明显。商业性农业的发展增加了全国各地区的商业联系，也引起了农业各部门及其与手工业相关部门之间的连锁反应和相互依赖。许多重要商品的贸易，已不再局限于地方局部范围内的狭小市场，而是被长途贩运到很远的地方销售，乃至行销全国。奢侈品在商品总量中仍占一定比例，但人民日常生活用品仍然占据了市场流通总额的大部分，尤以粮食、棉花、棉布、生丝、丝织品、盐、茶七类物品最为商品中的大宗。
在国内贸易发展的基础上，海外贸易的需求日益强烈。明朝中期，有关禁海、开海的斗争由地方达到中央，私人海外贸易与倭寇合流，成为影响沿海社会稳定的重大问题，这种情况为前所未有。隆庆开放海禁之后，大批中国商品以东南亚为跳板流入欧洲和美洲，在一定程度上刺激和影响了欧洲工业技术的革新，为西方
资本主义的兴起作出了贡献。
与海外贸易的发展相联系，白银货币化成为明朝后期到清朝引人瞩目的现象。明初以铜钱、纸钞为法定货币，白银在禁止流通之列。但纸钞因政府未能控制投放量而导致信用下降，渐至名存实亡，铜钱则因币材缺乏，铸币量难以满足流通的需要。明朝中期，朝廷被迫弛用银之禁，而通过海外贸易大量流入中国的白银恰好弥补了国内银矿不足的缺陷。
张居正推行“一条鞭法”时，即规定赋税折银征收，说明民间使用白银已比较普遍。清朝也曾铸造铜钱，并在云南等地大力开采铜矿，但仍不能完全解决币材问题，同时用银之势也已不可遏止，因此在流通领域仍然是“用银为本，用钱为末”。大额交易通用白银，政府财政也以白银为计算单位。白银作为货币，具有不变质、易分割、价值高等优点，其货币化本是商品经济发展的产物，反过来又进一步推动了商品经济的发展。
在商业资本日益膨胀的趋势中，逐渐形成了一些具有地方特色的商人集团，其中尤以南方的徽商和北方的西商最为著名。徽商出于安徽南部的徽州府（治今安徽歙县），其地属山区，人多而耕地少，居民遂多出外经营工商业谋生。当地物产丰富，木器、漆器、茶、文具之类特产都驰名全国，为商业资本的积累提供了物质条件。全国经济最发达地区苏、浙邻近徽州，交通便利，成为其绝好的商业市场。在上述诸多因素的综合作用下，徽商实力勃兴，长江中下游地区至有“无徽不成镇”之谚。部分徽商还把经营方向发展到海外，
嘉靖倭患的著名首领许栋、王直、徐海等都是徽商出身。他们的商业活动以贩盐为主，亦兼营粮、棉、丝、茶等多种贸易，很多人通过与官府的合作演变为豪富特权商人。西商主要是指山西和陕西商人，他们在明朝通过经营边防军需物资起家，积累了大量资本，入清后继续为政府和皇室经营专卖物资，并兼营典当、汇兑等业务，势力经久不衰。此外其他地方还有很多较小规模的商人集团，其经商活动大都带有地域性、宗族性的共同特点。清朝广东的“行商”（又称“十三行”）则是在
清廷外贸政策背景之下新兴的商帮，通过代替政府经营对外贸易赚取了巨额利润。
宋朝时开始出现的地方性镇市、集市（草市），在明中叶以后有了更大的发展，几乎遍及全国，对各地自然经济起到了一定的调剂作用。一部分地理位置较好的镇市，人口逐渐聚集，越来越多地吸引外地商业资本，逐渐发展为专业性市镇，在一定程度上具有地区工商业中心的性质。这类市镇以
江南地区最为普遍，如以棉织业为主的松江朱泾镇、以丝织业为主的苏州盛泽镇、湖州南浔镇，人烟繁庶，名闻全国。到清朝前期，四所规模巨大的专业性市镇——广东佛山镇、江西景德镇、湖北汉口镇、河南朱仙镇合称“天下四大镇”，俨然已成为新兴的城市。它们与作为州县治所的传统城市不同，
行政级别低下，机构设置简单，完全是因为经济发展而崛起的工商业中心。发展进程稍晚的近代大都市上海和天津，基本也属于同类性质。即使是传统的政治型城市，如北京、南京、杭州、广州之类，由于城市经济的繁荣，其本身的经济职能也在明显强化。由城市到市镇，再到星罗棋布的乡村集市，一个个地区贸易网络就这样逐步形成。
与商品经济的繁荣相联系，明朝中叶以下的社会风气也出现了显著变化。在明朝后期一些人看来，嘉靖前后明显是两个不同的时代。变化主要表现在农业人口“弃本逐末”，工商业竞争激烈，金钱崇拜和追求奢侈高消费之风盛行，逾越礼制现象日趋普遍，传统伦理道德观念受到猛烈冲击等等方面。这些变化趋势在清朝前期政府干预下一度有所遏制，但社会风气毕竟已不能回到明朝前期的“三代”阶段。相反只要政府控制一旦稍有放松，这些趋向即有继续发展的态势。这也从一个侧面反映出明中期以下商品经济的发展，的确达到了一个新的高度。
另一方面，明清商品经济的繁荣仍然带有严重的局限性。中国古代的自然经济结构虽以自给自足为主，但本身也能够容纳一定程度的商品生产。在一般情况下，每个农户作为剩余产品向市场提供的商品，在其总产品中所占份额很小。但由于农民人数众多，其剩余产品总量大大超出独立手工业者的产品总量，因此农民实际上成为社会商品的主要提供者。他们以织助耕，以副养农，可以使自己的收入基本保持稳定，甚至有缓慢的提高，但始终难以成为独立的商品生产者，这样就严重限制了社会财富积累和商品生产的扩大。虽然出现了一些资本雄厚的商人集团，但他们往往同时又带有地主、高利贷者的身份，其相当一部分资本转向购买土地、放高利贷或交结官府谋求特权保护，并未真正投入于大规模的商品生产。在政治领域，国家对商品经济的进一步发展形成了明显的约束和限制，在总体方针上重农抑商，对商业活动课以重税，责以义务性的“派买”，严加管理，出行要有路引（通行证），营业须有市籍，为官府盘剥商人提供了种种方便。以闭关锁国为主的对外政策，严重阻碍了对外贸易的扩大和海外市场的开拓。在此类诸多因素的作用下，明清商品经济虽比前代有了更大进步，但并未能对传统自然经济结构形成根本上的冲击。