支付工资代扣个税会计分录的做法如下：
1. 在计提工资时，应将税金一并计提，借记相关成本费用科目，贷记应付职工薪酬科目，同时贷记应交税费-应交个人所得税科目。
2. 在实际发放工资时，借记应付职工薪酬科目，贷记银行存款等科目。同时，借记应交税费-应交个人所得税科目，贷记银行存款科目，将代扣的个税上缴。
以上步骤完成后，工资代扣个税的会计分录就完成了。需要注意的是，以上分录只是工资代扣个税的一种通用做法，具体分录可能会因为企业的会计政策、税法规定等因素而有所不同。因此，在实际操作中，还需要结合具体情况进行处理。